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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n3c | ||||||
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タイトル | Structural and biochemical exploration of a critical amino acid in human 8-oxoguanine glycosylase | ||||||
要素 |
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キーワード | hydrolase / lyase/DNA / HhH-GPD DNA glycosylase DNA repair oxoguanine / lyase-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective OGG1 Substrate Binding / Defective OGG1 Substrate Processing / Defective OGG1 Localization / depurination / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 ...Defective OGG1 Substrate Binding / Defective OGG1 Substrate Processing / Defective OGG1 Localization / depurination / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / response to folic acid / oxidized purine DNA binding / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / response to light stimulus / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / cellular response to cadmium ion / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / nucleotide-excision repair / response to radiation / base-excision repair / nuclear matrix / cellular response to reactive oxygen species / response to estradiol / microtubule binding / endonuclease activity / response to ethanol / response to oxidative stress / damaged DNA binding / nuclear speck / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Norman, D.P. / Chung, S.J. / Verdine, G.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Structural and biochemical exploration of a critical amino acid in human 8-oxoguanine glycosylase 著者: Norman, D.P. / Chung, S.J. / Verdine, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n3c.cif.gz | 97.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n3c.ent.gz | 69.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n3c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1n3c_validation.pdf.gz | 382.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1n3c_full_validation.pdf.gz | 393.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1n3c_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1n3c_validation.cif.gz | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/1n3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/1n3c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4635.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4561.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 35647.320 Da / 分子数: 1 / Fragment: 3.2.2.-, 4.2.99.18 / Mutation: D268N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OGG1 / プラスミド: pet30a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O15527 |
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.98 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: sodium cacodylate, calcium acetate, PEG 8000 (16-18%), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 詳細: Bruner, S.D., (2000) Nature, 403, 859. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.93 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 15843 / Num. obs: 14671 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 90.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 88563 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / % possible obs: 90.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.88 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EBM 解像度: 2.7→29.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.3074 Å2 / ksol: 0.35403 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.2 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.44 Å / Luzzati sigma a free: 0.48 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.37 / Rfactor Rwork: 0.31 |