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- PDB-1n2y: SOLUTION STRUCTURE OF SS-CYCLIZED CATESTATIN FRAGMENT FROM CHROMO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n2y
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF SS-CYCLIZED CATESTATIN FRAGMENT FROM CHROMOGRANIN A
要素CATESTATIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / CATESTATIN CHOROMOGRANIN A
機能・相同性
機能・相同性情報


: / mast cell cytokine production / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in cardiac muscle relaxation / negative regulation of catecholamine secretion / negative regulation of protein serine/threonine phosphatase activity / positive regulation of dense core granule biogenesis / mast cell granule / mast cell chemotaxis / mast cell activation / negative regulation of hormone secretion ...: / mast cell cytokine production / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in cardiac muscle relaxation / negative regulation of catecholamine secretion / negative regulation of protein serine/threonine phosphatase activity / positive regulation of dense core granule biogenesis / mast cell granule / mast cell chemotaxis / mast cell activation / negative regulation of hormone secretion / chromaffin granule / antifungal humoral response / mast cell degranulation / neuronal dense core vesicle / negative regulation of insulin secretion / defense response to fungus / regulation of cell adhesion / transport vesicle / negative regulation of angiogenesis / secretory granule / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chromogranin A/B / Chromogranin A/B/C / Chromogranin, conserved site / Granin (chromogranin or secretogranin) / Granins signature 1. / Granins signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, CHEMICAL SHIFT REFINEMENT
データ登録者Preece, N.E. / Nguyen, M. / Mahata, M. / Mahata, S.K. / Mahapatra, N.R. / Tsigelny, I. / O'Connor, D.T.
引用ジャーナル: Regul.Pept. / 年: 2004
タイトル: Conformational preferences and activities of peptides from the catecholamine release-inhibitory (catestatin) region of chromogranin A
著者: Preece, N.E. / Nguyen, M. / Mahata, M. / Mahata, S.K. / Mahapatra, N.R. / Tsigelny, I. / O'Connor, D.T.
履歴
登録2002年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年11月13日ID: 1krk
改定 1.02002年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
Remark 999SEQUENCE THE TERMINAL CYSTEINES ARE NON-NATIVE BUT WERE INCLUDED TO FACILITATE THE SYNTHESIS OF THE ...SEQUENCE THE TERMINAL CYSTEINES ARE NON-NATIVE BUT WERE INCLUDED TO FACILITATE THE SYNTHESIS OF THE CYCLIC PEPTIDE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATESTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6631
ポリマ－1,6631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 20DOMINANT CLUSTER and outliers
代表モデルモデル #8

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CATESTATIN


分子量: 1662.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. SOLID PHASE SYNTHESIS AND FACILE CYCLIZATION OF TERMINAL CYSTEINES BY OXIDATION WAS PERFORMED. THE SEQUENCE OF THE PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN BOS TAURUS (COW).
参照: UniProt: P05059

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
131P-COSY
141BASHD-TOCSY
NMR実験の詳細Text: DMSO-D6

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試料調製

詳細内容: 4MG SS-CYCLIZED CATESTATIN 15-MER
試料状態イオン強度: 10 mM PHOSPHATE / pH: 7 / 圧: AMBIENT / 温度: 278 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称分類
X-PLOR精密化
VNMR構造決定
Felix構造決定
Discover構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, CHEMICAL SHIFT REFINEMENT
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: DOMINANT CLUSTER and outliers
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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