PDB-1n10: Crystal Structure of Phl p 1, a Major Timothy Grass Pollen Allergen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1n10

タイトル

Crystal Structure of Phl p 1, a Major Timothy Grass Pollen Allergen

要素

Pollen allergen Phl p 1

キーワード

ALLERGEN / Plant allergen / phl p 1 / expansin / immunoglobulin-like fold / double-psi beta barrel / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC

機能・相同性

機能・相同性情報

plant-type cell wall loosening / sexual reproduction / anatomical structure morphogenesis / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Phleum pratense (オオアワガエリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Ball, T. / Leistler, B. / Valenta, R. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray Crystal Structure of Phl p 1, a Major Timothy Grass Pollen Allergen
著者: Fedorov, A.A. / Ball, T. / Leistler, B. / Valenta, R. / Almo, S.C.

履歴

登録	2002年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2021年2月3日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / chem_comp Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1n10.cif.gz	100.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1n10.ent.gz	77 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1n10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1n10_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1n10_full_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示
XML形式データ	1n10_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	1n10_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/1n10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/1n10	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3zqf-d 2tct-d 4abz-d 1ork-d 4v2f-d 2trt-d 6fpm-d 6fpl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-T1467

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pollen allergen Phl p 1

B: Pollen allergen Phl p 1

ヘテロ分子

53 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pollen allergen Phl p 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pollen allergen Phl p 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.685, 65.526, 144.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is a monomer

#1: タンパク質

Pollen allergen Phl p 1 / Phl p I

分子量: 26265.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Phleum pratense (オオアワガエリ)
遺伝子: PHLPI
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43213

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.584 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 1.01 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月29日
放射	モノクロメーター: Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.01 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 12934 / Num. obs: 12934 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 39.6
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / R_merge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / % possible all: 84.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
CNS	1	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.9→20 Å / R_factor R_free error: 0.01 / 交差検証法: througout / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	664	5.1 %	RANDOM
R_work	0.239	-	-	-
all	0.243	12934	-	-
obs	0.243	12934	98.6 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: flat model / B_sol: 10.04 Å² / k_sol: 0.271776 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.47 Å	0.4 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.49 Å	0.47 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3512	0	28	0	3540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.55
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	25
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.84
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.57	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	4.33	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.96	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	6.51	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.9→3 Å / R_factor R_free error: 0.035 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	61	5.1 %
R_work	0.298	1932	-
obs	-	1213	95 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	cis_peptide.param

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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