PDB-1mxp: Solution structure of the ribbon disulfide bond isomer of alpha-c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mxp

タイトル

Solution structure of the ribbon disulfide bond isomer of alpha-conotoxin AuIB

要素

alpha-conotoxin AuIB

キーワード

TOXIN / turns

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, energy minimisation in a CHARM force field

データ登録者

Dutton, J.L. / Bansal, P.S. / Hogg, R.C. / Adams, D.J. / Alewood, P.F. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: A New Level of Conotoxin Diversity, a Non-native Disulfide Bond Connectivity in alpha -Conotoxin AuIB Reduces Structural Definition but Increases Biological Activity.
著者: Dutton, J.L. / Bansal, P.S. / Hogg, R.C. / Adams, D.J. / Alewood, P.F. / Craik, D.J.

履歴

登録	2002年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2002年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mxp.cif.gz	74.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mxp.ent.gz	50.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mxp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/1mxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/1mxp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mxnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2mdq-d 2iha-d 1nkf-d 1mxn-d 2gcz-d 7bz9-d 6b17-2 6rro-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: alpha-conotoxin AuIB

1.58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #7	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	alpha-conotoxin AuIB 分子量: 1575.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was synthesised by BOC chemistry. / 参照: UniProt: P56640
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	2	E-COSY
1	5	2	2D NOESY
1	6	2	2D TOCSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2mM ribbon AuIB peptide	90% H2O/10% D2O
2	2mM ribbon AuIB peptide	100% D2O

試料状態

pH: 3.5 / 圧: atmospheric atm / 温度: 280 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	1
Bruker ARX	Bruker	ARX	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
XwinNMR	2.6	Bruker	解析
X-PLOR	3.851 then 3.1f	Brunger	精密化
X-PLOR	3.851 then 3.1f	Brunger	構造決定

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics, energy minimisation in a CHARM force field
ソフトェア番号: 1
詳細: 140 noe restraints were used including 4 long and 13 medium range noes, also 3 dihedral angles were included

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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