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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mxi | ||||||
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タイトル | Structure of YibK from Haemophilus influenzae (HI0766): a Methyltransferase with a Cofactor Bound at a Site Formed by a Knot | ||||||
![]() | Hypothetical tRNA/rRNA methyltransferase HI0766 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / methyltransferase / S-adenosylhomocysteine / spoU family / Structure 2 Function Project / S2F / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (5-carboxymethylaminomethyluridine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / wobble position cytosine ribose methylation / wobble position uridine ribose methylation / tRNA (uracil-2'-O-)-methyltransferase activity / tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase / RNA binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lim, K. / Zhang, H. / Tempczyk, A. / Bonander, N. / Toedt, J. / Howard, A. / Eisenstein, E. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the YibK methyltransferase from Haemophilus influenzae (HI0766): a Cofactor Bound at a Site Formed by a Knot 著者: Lim, K. / Zhang, H. / Tempczyk, A. / Krajewski, W. / Bonander, N. / Toedt, J. / Howard, A. / Eisenstein, E. / Herzberg, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 754.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 758.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18427.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: HI0766 / プラスミド: PET17B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P44868, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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#2: 化合物 | ChemComp-IOD / |
#3: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.27 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法, soaking of crystal with cofactor sah pH: 4.6 詳細: 20% PMME 2000, 0.1 M sodium acetate, 0.2 M ammonium acetate, 3 % ethylene glycol, pH 4.6, Vapor diffusion, hanging drop, soaking of crystal with cofactor SAH, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 15394 / Num. obs: 15394 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.223 / % possible all: 69.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 281315 / Rmerge(I) obs: 0.04 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 69.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB 1j85 解像度: 1.7→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / Rfactor Rfree: 0.273 / Rfactor Rwork: 0.215 |