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万見
- PDB-1mx8: Two homologous rat cellular retinol-binding proteins differ in lo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mx8
タイトルTwo homologous rat cellular retinol-binding proteins differ in local structure and flexibility
要素CELLULAR RETINOL-BINDING PROTEIN I, HOLO
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / beta-barrel / helix-turn-helix / vitamin A / Retonol binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of granulocyte differentiation / response to benzoic acid / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / all-trans-retinol binding / retinoic acid biosynthetic process / vitamin A metabolic process / retinal binding / response to vitamin A / retinoic acid metabolic process ...regulation of granulocyte differentiation / response to benzoic acid / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / all-trans-retinol binding / retinoic acid biosynthetic process / vitamin A metabolic process / retinal binding / response to vitamin A / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / retinol binding / lipid homeostasis / response to retinoic acid / fatty acid transport / lipid droplet / fatty acid binding / cell body / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Retinol-binding protein 1 / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINOL / Retinol-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Lu, J. / Cistola, D.P. / Li, E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Two homologous rat cellular retinol-binding proteins differ in local conformational flexibility.
著者: Lu, J. / Cistola, D.P. / Li, E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Binding of retinol induces changes in rat cellular retinol-binding protein II conformation and backbone dynamics
著者: Lu, J. / Lin, C.L. / Tang, C. / Ponder, J.W. / Kao, J.L. / Cistola, D.P. / Li, E.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The structure and dynamics of rat apo-cellular retinol-binding protein II in solution: comparison with the X-ray structure
著者: Lu, J. / Lin, C.L. / Tang, C. / Ponder, J.W. / Kao, J.L.F. / Cistola, D.P. / Li, E.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallographic studies on a family of cellular lipophilic transport proteins. Refinement of P2 myelin protein and the structure determination and refinement of cellular retinol- ...タイトル: Crystallographic studies on a family of cellular lipophilic transport proteins. Refinement of P2 myelin protein and the structure determination and refinement of cellular retinol-binding protein in complex with all-trans-retinol
著者: Cowan, S.W. / Newcomer, M.E. / Jones, T.A.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystal structures of holo and apo-cellular retinol-binding protein II
著者: Winter, N.S. / Bratt, J.M. / Banaszak, L.J.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure and backbone dynamics of apo- and holo-cellular retinal-binding protein in solution
著者: Franzoni, L. / Lucke, C. / Perez, C. / Cavazzini, D. / Rademacher, M. / Ludwig, C. / Spisni, A. / Rossi, G.L. / Ruterjans, H.
履歴
登録2002年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULAR RETINOL-BINDING PROTEIN I, HOLO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0112
ポリマ－15,7251
非ポリマー2861
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 CELLULAR RETINOL-BINDING PROTEIN I, HOLO / Retinol binding protein -I (cellular) / CRBP


分子量: 15724.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: RBP1 or RBP-1 / プラスミド: pMON CRBP I / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P02696
#2: 化合物 ChemComp-RTL / RETINOL / (11Z,13Z)-レチノ-ル


分子量: 286.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: Triple resonance experiments for the 1H, 15N and 13C resonance assignments included the following: HNCO CBCACONNH HNCACB CBCACOCAHA HCCH-TOCSY 15N-resolved TOCSY-HSQC; The intra-ligand NOE ...Text: Triple resonance experiments for the 1H, 15N and 13C resonance assignments included the following: HNCO CBCACONNH HNCACB CBCACOCAHA HCCH-TOCSY 15N-resolved TOCSY-HSQC; The intra-ligand NOE constraints as well as ligand-protein NOE constraints were obtained from 2D 13C and 15N double half-filtered experiment

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0mM cellular retinol-binding protein I U-[99% 15N, 99% 13C] in complex with all-trans retinol (natural isotope abundance); 20mM phosphate buffer, 50mM potassium chloride, 0.05% sudium azide, 5mM beta-mecaptoethanol-d6; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
21.0mM cellular retinol-binding protein I U-[99% 15N, 80% 2H] in complex with all-trans retinol (natural isotope abundance); 20mM phosphate buffer, 50mM potassium chloride, 0.05% sudium azide, 5mM beta-mecaptoethanol-d6; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.347.4ambient 298 K
20.346.5ambient 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5003
Varian UNITYVarianUNITY6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1varian associatescollection
VNMR6.1varian associates解析
Felix2000molecular simulation inc.データ解析
Tinker3.3Ponder, J.W.構造決定
Tinker3.3Ponder, J.W.精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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