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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mx5 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Liver Carboxylesterase in complexed with homatropine, a cocaine analogue | |||||||||
要素 | liver Carboxylesterase I | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / esterase / cocaine | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholesterol ester hydrolysis involved in cholesterol transport / methylumbelliferyl-acetate deacetylase / methylumbelliferyl-acetate deacetylase activity / sterol esterase / sterol esterase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / regulation of bile acid secretion / Physiological factors / carboxylesterase / carboxylesterase activity ...cholesterol ester hydrolysis involved in cholesterol transport / methylumbelliferyl-acetate deacetylase / methylumbelliferyl-acetate deacetylase activity / sterol esterase / sterol esterase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / regulation of bile acid secretion / Physiological factors / carboxylesterase / carboxylesterase activity / cellular response to cholesterol / regulation of bile acid biosynthetic process / positive regulation of cholesterol metabolic process / reverse cholesterol transport / carboxylic ester hydrolase activity / Phase I - Functionalization of compounds / Aspirin ADME / negative regulation of cholesterol storage / cholesterol biosynthetic process / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of cholesterol efflux / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / lipid catabolic process / epithelial cell differentiation / cholesterol metabolic process / lipid droplet / cholesterol homeostasis / response to toxic substance / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Bencharit, S. / Morton, C.L. / Xue, Y. / Potter, P.M. / Redinbo, M.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003 タイトル: Structural Basis of Heroin and Cocaine Metabolism by a Promiscuous Human Drug-Processing Enzyme 著者: Bencharit, S. / Morton, C.L. / Xue, Y. / Potter, P.M. / Redinbo, M.R. | |||||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 ...BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). The authors have confirmed that human carboxylesterase 1 will form a trimer or hexamer in solution by Atomic Force Microscopy (AFM). They found the ratio of monomer:trimer:hexmer is ~ 10:44:46. 1MX1 and 1MX9 contain hexamers. This entry contains two trimers. The authors found that the trimer:hexmer ratio is dependent on the type and amount of ligands. | |||||||||
Remark 999 | SEQUENCE THE AUTHOR'S SEQUENCE HAS NO GLN 362 (CALLED hCEv in: Kroetz DL, McBride OW, Gonzalez FJ. ...SEQUENCE THE AUTHOR'S SEQUENCE HAS NO GLN 362 (CALLED hCEv in: Kroetz DL, McBride OW, Gonzalez FJ.Glycosylation-dependent activity of baculovirus-expressed human liver carboxylesterases: cDNA cloning and characterization of two highly similar enzyme forms. Biochemistry 1993 Nov 2;32(43):11606-17) |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mx5.cif.gz | 665.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mx5.ent.gz | 542.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mx5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mx5_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mx5_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1mx5_validation.xml.gz | 79 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mx5_validation.cif.gz | 121.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/1mx5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/1mx5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is two trimers in one asymmetric unit. |
-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 60511.328 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P23141, carboxylesterase |
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-糖 , 2種, 10分子
#2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 糖 | |
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-非ポリマー , 3種, 1695分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-HTQ / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG3350, Glycerol, lithium sulfate, lithium chloride, sodium chloride, sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年3月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 82155 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 50.7 Å2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 3.6 % / Num. measured all: 292059 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.87 Å / % possible obs: 80.6 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.9334 Å2 / ksol: 0.361046 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.7 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.34 Å / Luzzati sigma a free: 0.38 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor Rfree: 0.222 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.87 Å / Rfactor Rfree: 0.344 / Rfactor Rwork: 0.251 |