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- PDB-1mww: THE STRUCTURE OF THE HYPOTHETICAL PROTEIN HI1388.1 FROM HAEMOPHIL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mww
タイトルTHE STRUCTURE OF THE HYPOTHETICAL PROTEIN HI1388.1 FROM HAEMOPHILUS INFLUENZAE REVEALS A TAUTOMERASE/MIF FOLD
要素HYPOTHETICAL PROTEIN HI1388.1
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / I1388.1 / HYPOTHETICAL PROTEIN / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性Tautomerase, MSAD family / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / GLUTAMIC ACID / Uncharacterized protein HI_1388.1
機能・相同性情報
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Lehmann, C. / Pullalarevu, S. / Krajewski, W. / Galkin, A. / Howard, A. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the Hypothetical Protein HI1388.1 from Haemophilus influenzae
著者: Lehmann, C. / Pullalarevu, S. / Krajewski, W. / Galkin, A. / Howard, A. / Herzberg, O.
履歴
登録2002年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN HI1388.1
B: HYPOTHETICAL PROTEIN HI1388.1
C: HYPOTHETICAL PROTEIN HI1388.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1395
ポリマ－44,9563
非ポリマー1832
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area14650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.150, 115.150, 124.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-245-

HOH

21C-512-

HOH

31C-520-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN HI1388.1


分子量: 14985.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: HI1388.1 / プラスミド: PET100 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O86237
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 50% MPD, 0.1M NACACODYLATE, 0.2M NAGLUTAMATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9724 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月7日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY-COOLED SI(111) DOUBLE-CRYSTAL SYSTEM
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→19.83 Å / Num. obs: 24983 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 8.96 / Num. unique all: 24986 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
EPMR位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OTF

1otf


解像度: 2.08→19.83 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1194 -RANDOM
Rwork0.198 ---
obs-24578 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso mean: 32.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2924 0 11 356 3291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.17 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 117 -
Rwork0.299 2586 -
obs-2703 89.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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