PDB-1mwh: REOVIRUS POLYMERASE LAMBDA3 BOUND TO MRNA CAP ANALOG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mwh

タイトル

REOVIRUS POLYMERASE LAMBDA3 BOUND TO MRNA CAP ANALOG

要素

MINOR CORE PROTEIN LAMBDA 3

キーワード

VIRAL PROTEIN / polymerase / polymerase-cap analog complex / right hand configuration

機能・相同性

機能・相同性情報

viral genome replication / viral nucleocapsid / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Reovirus sp. (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Tao, Y. / Farsetta, D.L. / Nibert, M.L. / Harrison, S.C.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: RNA Synthesis in a Cage-Structural Studies of Reovirus Polymerase lambda3
著者: Tao, Y. / Farsetta, D.L. / Nibert, M.L. / Harrison, S.C.

履歴

登録	2002年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mwh.cif.gz	276.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mwh.ent.gz	218.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mwh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/1mwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/1mwh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mukSC 1n1hC 1n35C 1n38C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1muk-d 1n1h-d 1n38-d 1n35-d 1uon-d 2r7r-d 3ssm-d 3s5m-d 2r7t-d 4red-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MINOR CORE PROTEIN LAMBDA 3

ヘテロ分子

143 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.891, 84.944, 249.246
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	MINOR CORE PROTEIN LAMBDA 3 分子量: 142423.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Reovirus sp. (ウイルス) / 遺伝子: L1 / 細胞株 (発現宿主): SF21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P17378, UniProt: P0CK31*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-GTG / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE / MRNA CAP ANALOG N7-METHYL GPPPG / 7-メチルGp₃G 分子量: 803.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₁₀O₁₈P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 671 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.29 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG4000, sodium chloride, HEPES, glycerol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 22 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	8.7 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	sodium HEPES	1	drop	pH7.8
3	10 %	glycerol	1	drop
4	150 mM		1	drop		NaCl
5	10 mM	dithiothreitol	1	drop
6	0.02 %		1	drop		NaN3
7	7.5 %	PEG8000	1	reservoir
8	10 %	glycerol	1	reservoir
9	0.1 M	sodium HEPES	1	reservoir	pH7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→49.88 Å / Num. all: 53049 / Num. obs: 49606 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 42.5 Å² / Limit h max: 28 / Limit h min: 0 / Limit k max: 34 / Limit k min: 0 / Limit l max: 99 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 2281469.39 / Observed criterion F min: 19.9 / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4223 / % possible all: 81.7
反射	PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5-6 / R_merge(I) obs*: 0.088
反射シェル	PLUS % possible obs: 80.8 % / R_merge(I) obs*: 0.404

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: reovirus polymerase 1MUK

1muk

解像度: 2.5→49.88 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	2636	5.3 %	same set of reflections as used in refining the native lambda3 structure
R_work	0.209	-	-	-
all	0.243	53069	-	-
obs	0.243	49423	93.1 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / B_sol: 33.302 Å² / k_sol: 0.364169 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.19 Å² / B_iso mean: 33.69 Å² / B_iso min: 12.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.35 Å	0.28 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.35 Å	0.31 Å
Luzzati d res high	-	2.5

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9930	0	53	671	10654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_deg	22.2
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_impr_deg	1.1

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	% reflection R_free (%)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor R_free error	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.5-2.61	0.285	155	2.4	0.286	5071	0.023	6524	5226	80.1
2.61-2.75	0.244	231	3.5	0.245	5492	0.016	6569	5723	87.1
2.75-2.92	0.232	272	4.1	0.233	5683	0.014	6572	5955	90.6
2.92-3.15	0.224	362	5.5	0.224	5682	0.012	6562	6044	92.1
3.15-3.47	0.207	405	6.1	0.207	5848	0.01	6589	6253	94.9
3.47-3.97	0.198	412	6.2	0.197	6165	0.01	6643	6577	99
3.97-5	0.17	394	5.9	0.169	6307	0.009	6704	6701	100
5-49.88	0.218	405	5.8	0.219	6539	0.011	6956	6944	99.8

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	dna-rna_rep.param	dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	mgp.par	mgp.top
X-RAY DIFFRACTION	5	ion.param	ion.top

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / R_factor R_free: 0.252 / R_factor R_work: 0.22

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.719

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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