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万見
- PDB-1mvz: NMR solution structure of a Bowman Birk inhibitor isolated from s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mvz
タイトルNMR solution structure of a Bowman Birk inhibitor isolated from snail medic seeds (Medicago Scutellata)
要素Bowman-Birk type protease inhibitor, (MSTI)
キーワードhydrolase inhibitor / Serine protease inhibitor / three stranded beta-sheet / VIb type turn
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Bowman-Birk serine protease inhibitor family / Bowman-Birk serine protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I12, Bowman-Birk / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bowman-Birk type proteinase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago scutellata (マメ科)
手法溶液NMR / simulated annealing torsion angle dynamics energy minimization
データ登録者Catalano, M. / Ragona, L. / Molinari, H. / Tava, A. / Zetta, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Anticarcinogenic Bowman Birk inhibitor isolated from snail medic seeds (Medicago Scutellata): solution structure and analysis of self-association behaviour
著者: Catalano, M. / Ragona, L. / Molinari, H. / Tava, A. / Zetta, L.
履歴
登録2002年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999sequence Author indicates that the sequence in the database is incorrect

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bowman-Birk type protease inhibitor, (MSTI)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9401
ポリマ－6,9401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bowman-Birk type protease inhibitor, (MSTI) / MSTI


分子量: 6940.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Medicago scutellata (マメ科) / 組織: Seeds / キーワード: MSTI / 参照: UniProt: P80321
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2112D TOCSY
2212D NOESY
231DQF-COSY
2422D TOCSY
3512D TOCSY
4612D TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM MSTI, 20mM phosphate buffer NA95% H2O/5% D2O
21mM MSTI, 20mM phosphate buffer NAD2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120mM NA 5.6ambient 290 K
220mM NA 5.6ambient 300 K
320mM NA 5.6ambient 310 K
420mM NA 5.6ambient 320 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6BRUKERcollection
XEASY1.3.13Bartelsデータ解析
DYANA1.5Guntert構造決定
Discover98MSI精密化
精密化手法: simulated annealing torsion angle dynamics energy minimization
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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