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- PDB-1mvp: STRUCTURAL STUDIES OF THE RETROVIRAL PROTEINASE FROM AVIAN MYELOB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mvp
タイトルSTRUCTURAL STUDIES OF THE RETROVIRAL PROTEINASE FROM AVIAN MYELOBLASTOSIS ASSOCIATED VIRUS
要素MYELOBLASTOSIS ASSOCIATED VIRAL PROTEASE
キーワードHYDROLASE(ASPARTIC PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. ...: / Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Avian myeloblastosis-associated virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ohlendorf, D.H. / Foundling, S.I. / Salemme, F.R.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 1992
タイトル: Structural studies of the retroviral proteinase from avian myeloblastosis associated virus.
著者: Ohlendorf, D.H. / Foundling, S.I. / Wendoloski, J.J. / Sedlacek, J. / Strop, P. / Salemme, F.R.
履歴
登録1990年9月7日処理サイト: BNL
改定 1.01992年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYELOBLASTOSIS ASSOCIATED VIRAL PROTEASE
B: MYELOBLASTOSIS ASSOCIATED VIRAL PROTEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2242
ポリマ－27,2242
非ポリマー00
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.920, 88.920, 78.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-142-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.06347, 0.57288, -0.81718), (0.57291, -0.64955, -0.49986), (-0.81716, -0.4999, -0.28698)
ベクター: 37.94168, 86.01433, 103.7883)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED IN THE *MTRIX1* RECORDS BELOW WILL YIELD THE COORDINATES OF CHAIN *B* WHEN APPLIED TO THE COORDINATES OF CHAIN *A*.

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要素

#1: タンパク質 MYELOBLASTOSIS ASSOCIATED VIRAL PROTEASE


分子量: 13611.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Avian myeloblastosis-associated virus (ウイルス)
属: Alpharetrovirus
参照: UniProt: P26315, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.74 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 mMMAV proteinase1drop
20.05 Mcitrate1dropcan be replaced with phosphate
38-12 %satammonium sulfate1drop
45 %(v/v)dimethyl formamide1drop
50.05 %beta-mercaptoethanol1drop
60.05 Mcitrate1reservoircan be replaced with phosphate
78-12 %satammonium sulfate1reservoir
85 %(v/v)dimethyl formamide1reservoir
90.05 %beta-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 16968 / Num. measured all: 196542

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.2→5 Å
詳細: THE SG ATOMS OF CYS A 113 AND CYS B 113 HAVE BEEN REFINED IN TWO ALTERNATE POSITIONS WITH AN OCCUPANCY OF 0.5 FOR EACH POSITION.
Rfactor反射数
obs0.172 17283
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1741 0 0 133 1874
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0340.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0340.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.8281
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.4912
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.5731.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.6273
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0150.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2060.3
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1990.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.210.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.190.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.172
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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