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- PDB-1mvo: Crystal structure of the PhoP receiver domain from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mvo
タイトルCrystal structure of the PhoP receiver domain from Bacillus subtilis
要素PhoP response regulator
キーワードTRANSCRIPTION / PHOSPHATE REGULON / TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN / ALPHA/BETA DOUBLY WOUND FOLD / RESPONSE REGULATOR / PHOSPHORYLATION / ASYMMETRIC INTERFACE / TANDEM ASSOCIATION / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate ion transport / phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Birck, C. / Chen, Y. / Hulett, F.M. / Samama, J.P. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用
ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of the Phosphorylation Domain in PhoP Reveals a Functional Tandem Association Mediated by an Asymmetric Interface
著者: Birck, C. / Chen, Y. / Hulett, F.M. / Samama, J.P.
#1: ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 2003
タイトル: Residue R113 Is Essential for PhoP Dimerization and Function: a Residue Buried in the Asymmetric PhoP Dimer Interface Determined in the PhoPN Three-Dimensional Crystal Structure
著者: Chen, Y. / Birck, C. / Samama, J.P. / Hulett, F.M.
履歴
登録2002年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PhoP response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6484
ポリマ－15,5471
非ポリマー1013
水3,135174
1
A: PhoP response regulator
ヘテロ分子

A: PhoP response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2968
ポリマ－31,0942
非ポリマー2026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565x+1/2,-y+3/2,-z+3/41
単位格子
Length a, b, c (Å)45.704, 45.704, 134.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation : x+1/2, -y+3/2, -z+3/4

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要素

#1: タンパク質 PhoP response regulator / Alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein phoP


分子量: 15546.987 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: PHOP / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13792
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: PEG 10000, sodium citrate, PEG MME 550, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
123-25 %PEG100001reservoir
20.1 Msodium citrate1reservoirpH5.8
33 %PEG550 MME1reservoir
420 mMTris1droppH7.8
5150 mM1dropNaCl
60.1 mMEDTA1drop
71 mMdithiothreitol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月4日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→27 Å / Num. all: 18122 / Num. obs: 18122 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 2775 / Rsym value: 0.187 / % possible all: 92
反射
*PLUS
最低解像度: 27.1 Å / Num. obs: 18249 / % possible obs: 92 % / Num. measured all: 224913
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Metal-free PhoPN structure solved by MAD

解像度: 1.6→27 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used weighted full matrix maximum likelihood procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 878 -RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.188 17226 --
obs0.188 17226 91.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.523 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数937 0 3 174 1114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_length0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_angle1.661
X-RAY DIFFRACTIONr_torsion_angles, period14.503
X-RAY DIFFRACTIONr_torsion_angles, period315.508
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_center_restraints0.1
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.66 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 72 -
Rwork0.14 --
obs-1354 99.86 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 27.1 Å / Num. reflection obs: 17225 / Rfactor Rfree: 0.233
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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