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- PDB-1mvm: MVM(STRAIN I), COMPLEX(VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mvm
タイトルMVM(STRAIN I), COMPLEX(VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*A)-3')
  • PROTEIN (MURINE MINUTE VIRUS COAT PROTEIN)
キーワードVirus/DNA / COMPLEX (VIRAL COAT PROTEIN-DNA) / VIRAL COAT PROTEIN/NUCLEIC ACID / Icosahedral virus / Virus-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Minute virus of mice (マウス微小ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Llamas-Saiz, A.L. / Agbandje-McKenna, M. / Rossmann, M.G.
引用
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Functional Implications of the Structure of the Murine Parvovirus, Minute Virus of Mice
著者: Agbandje-McKenna, M. / Llamas-Saiz, A.L. / Weng, F. / Tattersall, P.J. / Rossmann, M.G.
#2: ジャーナル: Virology / 年: 1993
タイトル: Structure, Sequence, and Function Correlations Among Parvoviruses
著者: Chapman, M.S. / Rossmann, M.G.
#3: ジャーナル: Proteins / 年: 1993
タイトル: Structure Determination of Feline Panleukopenia Virus Empty Particles
著者: Agbandje, M. / McKenna, R. / Rossmann, M.G. / Strassheim, M.L. / Parrish, C.R.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Determination and Refinement of the Canine Parvovirus Empty-Capsid Structure
著者: Wu, H. / Keller, W. / Rossmann, M.G.
#5: ジャーナル: J.Virol. / 年: 1992
タイトル: Two Amino Acid Substitutions within the Capsid are Coordinately Required for Acquisition of Fibrotropism by the Lymphotropic Strain of Minute Virus of Mice
著者: Ball-Goodrich, L.J. / Tattersall, P.
#6: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1992
タイトル: Structure Determination of Monoclinic Canine Parvovirus
著者: Tsao, J. / Chapman, M.S. / Wu, H. / Agbandje, M. / Keller, W. / Rossmann, M.G.
#7: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Canine Parvovirus and its Functional Implications
著者: Tsao, J. / Chapman, M.S. / Agbandje, M. / Keller, W. / Smith, K. / Wu, H. / Luo, M. / Smith, T.J. / Rossmann, M.G. / Compans, R.W. / Parrish, C.R.
履歴
登録1996年6月21日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_peptide_omega.omega / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (MURINE MINUTE VIRUS COAT PROTEIN)
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4934
ポリマ－69,4934
非ポリマー00
水00
1
A: PROTEIN (MURINE MINUTE VIRUS COAT PROTEIN)
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*A)-3')
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,169,569240
ポリマ－4,169,569240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: PROTEIN (MURINE MINUTE VIRUS COAT PROTEIN)
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*A)-3')
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 347 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)347,46420
ポリマ－347,46420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: PROTEIN (MURINE MINUTE VIRUS COAT PROTEIN)
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*A)-3')
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 417 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)416,95724
ポリマ－416,95724
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: PROTEIN (MURINE MINUTE VIRUS COAT PROTEIN)
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*A)-3')
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.17 MDa, 240 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,169,569240
ポリマ－4,169,569240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
transform to crystal frame1
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)448.700, 416.700, 305.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.8419137, -0.45485407, 0.29026802), (0.45495393, 0.30901699, -0.8353575), (0.29022718, 0.83505665, 0.46710329)
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5generate(0.8419137, 0.45485407, 0.29026802), (-0.45495393, 0.30901699, 0.8353575), (0.29022718, -0.83505665, 0.46710329)
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20generate(-0.10400801, 0.66935391, 0.73574331), (0.66929613, -0.5, 0.54959214), (0.73556406, 0.54950568, -0.39599198)
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24generate(0.96487718, 0.13256819, -0.22694241), (-0.13247077, -0.5, -0.85594595), (-0.22671221, 0.85570657, -0.46487718)
25generate(0.80679087, -0.58742227, 0.0633256), (-0.5874247, -0.80901699, -0.02058845), (0.06351497, -0.02064993, -0.99777388)
26generate(0.43037703, 0.49561512, 0.75447279), (0.8686017, -0.49569088), (-0.24550175, 0.86846894, -0.43037703)
27generate(0.80679087, 0.58742227, 0.0633256), (0.5874247, -0.80901699, 0.02058845), (0.06351497, 0.02064993, -0.99777388)
28generate(0.96487718, -0.13256819, -0.22694241), (0.13247077, -0.5, 0.85594595), (-0.22671221, -0.85570657, -0.46487718)
29generate(0.68616603, -0.66935391, 0.28480927), (0.13247077, 0.5, 0.85594595), (-0.71509919, -0.54950568, 0.43186794)
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44generate(-0.20686724, -0.70916083, -0.67405765), (-0.95047313, 0.30901699, -0.03331282), (0.23197081, 0.63368549, -0.73809727)-15.4262, 208.35, 151.8685
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51generate(-0.14072745, 0.9588, -0.24670237), (-0.8686017, 0.49569088), (0.47510381, 0.284, 0.8328811)-15.4262, 208.35, 151.8685
52generate(0.24612973, 0.15428549, -0.95702494), (-0.5874247, 0.80901699, -0.02058845), (0.77092805, 0.56716083, 0.28970742)-15.4262, 208.35, 151.8685
53generate(-0.00034186, -0.86344632, -0.50446946), (-0.13247077, 0.5, -0.85594595), (0.99116791, 0.06652466, -0.114683)-15.4262, 208.35, 151.8685
54generate(-0.53952688, -0.68792466, 0.48554778), (-0.13247077, -0.5, -0.85594595), (0.83145937, -0.52604632, 0.17856366)-15.4262, 208.35, 151.8685
55generate(-0.62628993, 0.43828549, 0.64485661), (-0.5874247, -0.80901699, -0.02058845), (0.51251422, -0.39163917, 0.76419048)-15.4262, 208.35, 151.8685
56generate(-0.14072745, -0.9588, -0.24670237), (0.8686017, -0.49569088), (0.47510381, -0.284, 0.8328811)-15.4262, 208.35, 151.8685
57generate(-0.62628993, -0.43828549, 0.64485661), (0.5874247, -0.80901699, 0.02058845), (0.51251422, 0.39163917, 0.76419048)-15.4262, 208.35, 151.8685
58generate(-0.53952688, 0.68792466, 0.48554778), (0.13247077, -0.5, 0.85594595), (0.83145937, 0.52604632, 0.17856366)-15.4262, 208.35, 151.8685
59generate(-0.00034186, 0.86344632, -0.50446946), (0.13247077, 0.5, 0.85594595), (0.99116791, -0.06652466, -0.114683)-15.4262, 208.35, 151.8685
60generate(0.24612973, -0.15428549, -0.95702494), (0.5874247, 0.80901699, 0.02058845), (0.77092805, -0.56716083, 0.28970742)-15.4262, 208.35, 151.8685

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (MURINE MINUTE VIRUS COAT PROTEIN)


分子量: 64745.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Minute virus of mice (マウス微小ウイルス)
属: Parvovirus / 細胞株: 549 MURINE LYMPHOMA CELLS / 株: STRAIN I (IMMUNOSUPPRESSIVE) / 参照: UniProt: P07302
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量: 3232.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1183.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*A)-3')


分子量: 331.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
構成要素の詳細SIXTEEN NUCLEOTIDES OF THE GENOMIC SINGLE-STRANDED DNA ARE BOUND TO EACH OF THE 60 PROTOMERS OF THE ...SIXTEEN NUCLEOTIDES OF THE GENOMIC SINGLE-STRANDED DNA ARE BOUND TO EACH OF THE 60 PROTOMERS OF THE CAPSID, TOGETHER CONSTITUTING 20 PERCENT OF THE GENOME. THE ELECTRON DENSITY IS THE AVERAGE OF UP TO 60 DIFFERENT REGIONS OF THE DNA SEQUENCE. THUS, THE ELECTRON DENSITY FOR EACH BASE IS EXPECTED TO BE BLURRED AS IT IS THE AVERAGE OF MANY BASES. HOWEVER, FOR MANY OF THE NUCLEOTIDES, THE ELECTRON DENSITY IS DISTINCTIVE FOR PURINE OR PYRIMIDINE, AND IN SOME CASES FOR INDIVIDUAL BASE-TYPE. THIS SHOWS THAT THERE IS SOME SEQUENCE PREFERENCE. INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY BEGINS AT THE 39TH RESIDUE OF VP2. THERE IS DIFFUSE DENSITY, SUGGESTING THAT ONE IN FIVE OF THE N-TERMINI IS ON THE OUTSIDE OF THE CAPSID, AND THAT THE POLYPEPTIDE RUNS DOWN THE FIVE-FOLD AXIS TO JOIN RESIDUE 39 ON THE INSIDE SURFACE. ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 157 - 165 IS VERY WEAK.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 35

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試料調製

結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.75 %(w/v)PEG80001reservoir
28 mM1reservoirCaCl2/H2O
310 mMTris-HCl1reservoir
40.375 %(w/v)PEG80001drop
54 mM1dropCaCl2/H2O
610 mMTris-HCl1drop
75 mg/mlvirus1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年1月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.155
反射
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 551094 / % possible obs: 64.6 % / Num. measured all: 933857

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PURDUEモデル構築
精密化
PURDUEDATA PROCESSING PACKAGEデータ削減
PURDUEDATA PROCESSING PACKAGEデータスケーリング
PURDUEDATA PROCESSING PACKAGE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CANINE PARVOVIRUS (MONOCLINIC FORM)

最高解像度: 3.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4328 321 0 0 4649
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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