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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mum | ||||||
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タイトル | Structure of the 2-Methylisocitrate Lyase (PrpB) from Escherichia coli | ||||||
要素 | 2-methylisocitrate lyase | ||||||
キーワード | LYASE / PrpB / methylisocitrate / methylcitrate cycle / TIM-barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methylisocitrate lyase / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / methylisocitrate lyase activity / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Grimm, C. / Reuter, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of 2-methylisocitrate lyase (PrpB) from Escherichia coli and modelling of its ligand bound active centre. 著者: Grimm, C. / Evers, A. / Brock, M. / Maerker, C. / Klebe, G. / Buckel, W. / Reuter, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mum.cif.gz | 126.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mum.ent.gz | 98.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mum.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mum_validation.pdf.gz | 435.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mum_full_validation.pdf.gz | 449.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mum_validation.xml.gz | 26.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mum_validation.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/1mum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/1mum | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32038.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: W3350 / プラスミド: pQUE30-PrpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: P77541, methylisocitrate lyase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: ammonium sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→29.35 Å / Num. obs: 52996 / % possible obs: 98.2 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 20.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 255945 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.9 % / Rmerge(I) obs: 0.37 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→29.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 489994.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.1247 Å2 / ksol: 0.388564 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 3 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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