PDB-1muk: reovirus lambda3 native structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1muk

タイトル

reovirus lambda3 native structure

要素

MINOR CORE PROTEIN LAMBDA 3

キーワード

VIRAL PROTEIN / single subunit polymerase fold / fingers / palm / thumb / right hand configuration

機能・相同性

機能・相同性情報

viral genome replication / viral nucleocapsid / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Reovirus sp. (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換,

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Tao, Y. / Farsetta, D.L. / Nibert, M.L. / Harrison, S.C.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: RNA Synthesis in a Cage-Structural Studies of Reovirus Polymerase lambda3
著者: Tao, Y. / Farsetta, D.L. / Nibert, M.L. / Harrison, S.C.

履歴

登録	2002年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1muk.cif.gz	269.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1muk.ent.gz	213.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1muk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/1muk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/1muk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mwhC 1n1hC 1n35C 1n38C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1mwh-d 1n1h-d 1n38-d 1n35-d 3ssm-d 1uon-d 3sun-d 3ssn-d 4red-1 2r7r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MINOR CORE PROTEIN LAMBDA 3

142 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.874, 85.162, 248.641
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	MINOR CORE PROTEIN LAMBDA 3 分子量: 142423.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Reovirus sp. (ウイルス) / 株: T3D / 遺伝子: L1 / 細胞株 (発現宿主): SF21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P17378, UniProt: P0CK31*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.28 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG4000, sodium chloride, HEPES, glycerol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 22 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	8.7 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	sodium HEPES	1	drop	pH7.8
3	10 %	glycerol	1	drop
4	150 mM		1	drop		NaCl
5	10 mM	dithiothreitol	1	drop
6	0.02 %		1	drop		NaN3
7	7.5 %	PEG8000	1	reservoir
8	10 %	glycerol	1	reservoir
9	0.1 M	sodium HEPES	1	reservoir	pH7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→42.94 Å / Num. all: 52366 / Num. obs: 52366 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 32 Å² / Limit h max: 28 / Limit h min: 0 / Limit k max: 34 / Limit k min: 0 / Limit l max: 99 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 2477003.57 / Observed criterion F min: 11.3 / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 4487 / % possible all: 85
反射	PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 52430 / Num. measured all*: 337229
反射シェル	PLUS % possible obs*: 85 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換,

多波長異常分散
解像度: 2.5→42.94 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	2767	5.3 %	random 5%
R_work	0.208	-	-	-
all	0.215	53069	-	-
obs	0.215	52134	98.2 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / B_sol: 21.5153 Å² / k_sol: 0.334817 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.88 Å² / B_iso mean: 23.68 Å² / B_iso min: 2.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.93 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.22 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.33 Å	0.27 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.34 Å	0.3 Å
Luzzati d res high	-	2.5

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9934	0	0	540	10474

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d	21.9
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d	0.98

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	% reflection R_free (%)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor R_free error	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.5-2.61	0.28	177	2.7	0.279	5667	0.021	6528	5844	89.5
2.61-2.75	0.226	258	3.9	0.225	6179	0.014	6584	6437	97.8
2.75-2.92	0.226	302	4.6	0.225	6146	0.013	6553	6448	98.4
2.92-3.15	0.217	394	6	0.217	6137	0.011	6552	6531	99.7
3.15-3.47	0.205	417	6.3	0.206	6170	0.01	6594	6587	99.9
3.47-3.97	0.199	421	6.3	0.202	6225	0.01	6655	6646	99.9
3.97-5	0.159	392	5.9	0.16	6298	0.008	6692	6690	100
5-42.94	0.221	406	5.8	0.217	6545	0.011	6959	6951	99.9

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	water.top

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.245 / R_factor R_work: 0.213

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.47
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	21.9
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.98

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関連情報:EMDBヘッダ

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