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- PDB-1mto: Crystal structure of a Phosphofructokinase mutant from Bacillus s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mto
タイトルCrystal structure of a Phosphofructokinase mutant from Bacillus stearothermophilus bound with fructose-6-phosphate
要素6-phosphofructokinase
キーワードTRANSFERASE / phosphofructokinase / fructose-6-phosphate / tryptophan-shift
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / monosaccharide binding / canonical glycolysis / AMP binding / ATP binding ...6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / monosaccharide binding / canonical glycolysis / AMP binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic-type / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase / Rossmann fold - #450 ...ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic-type / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / ATP-dependent 6-phosphofructokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Riley-Lovingshimer, M.R. / Ronning, D.R. / Sacchettini, J.C. / Reinhart, G.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Reversible Ligand-Induced Dissociation of a Tryptophan-Shift Mutant of Phosphofructokinase from Bacillus stearothermophilus
著者: Riley-Lovingshimer, M.R. / Ronning, D.R. / Sacchettini, J.C. / Reinhart, G.D.
履歴
登録2002年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphofructokinase
B: 6-phosphofructokinase
C: 6-phosphofructokinase
D: 6-phosphofructokinase
E: 6-phosphofructokinase
F: 6-phosphofructokinase
G: 6-phosphofructokinase
H: 6-phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,42416
ポリマ－273,3438
非ポリマー2,0818
水00
1
A: 6-phosphofructokinase
B: 6-phosphofructokinase
C: 6-phosphofructokinase
D: 6-phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,7128
ポリマ－136,6714
非ポリマー1,0414
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14390 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area41730 Å2
手法PISA
2
E: 6-phosphofructokinase
F: 6-phosphofructokinase
G: 6-phosphofructokinase
H: 6-phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,7128
ポリマ－136,6714
非ポリマー1,0414
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15110 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area41230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.682, 106.872, 119.588
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase / Phosphohexokinase


分子量: 34167.852 Da / 分子数: 8 / 変異: W179Y,Y164W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: pfk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DF1020 / 参照: UniProt: P00512, 6-phosphofructokinase
#2: 糖
ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.368 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5707 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, Sodium Cacodylate, Calcium Acetate, Fructose-6-phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 %PEG80001reservoir
20.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5
30.2 Mcalcium acetate1reservoir
41 mMFru-6-P1reservoir
57.5 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→29.84 Å / Num. obs: 46829 / Observed criterion σ(F): 0
反射
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / % possible obs: 91.6 % / Num. measured all: 106908 / Rmerge(I) obs: 0.101
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PFK

3pfk


解像度: 3.2→29.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 190041.81 / Data cutoff high rms absF: 190041.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 3676 10.1 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all0.189 ---
obs0.189 36572 86.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.250378 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.17 Å20 Å24.22 Å2
2--4.93 Å20 Å2
3---0.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19200 0 128 0 19328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.512.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 562 10.2 %
Rwork0.259 4959 -
obs--79 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2F6P.PARF6P.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / Num. reflection obs: 32894 / Rfactor Rfree: 0.2746 / Rfactor Rwork: 0.1787
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.146
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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