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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mtc | ||||||
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タイトル | GLUTATHIONE TRANSFERASE MUTANT Y115F | ||||||
![]() | Glutathione S-transferase YB1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GLUTATHIONE TRANSFERASE / PROTEIN DYNAMICS / PROTEIN CATALYSIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() Glutathione conjugation / nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / hepoxilin biosynthetic process / response to metal ion / prostaglandin metabolic process / nickel cation binding / glutathione transferase ...Glutathione conjugation / nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / hepoxilin biosynthetic process / response to metal ion / prostaglandin metabolic process / nickel cation binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / response to axon injury / response to amino acid / xenobiotic catabolic process / steroid binding / glutathione metabolic process / response to lead ion / sensory perception of smell / cellular response to xenobiotic stimulus / response to ethanol / response to xenobiotic stimulus / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ladner, J.E. / Xiao, G. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Local protein dynamics and catalysis: detection of segmental motion associated with rate-limiting product release by a glutathione transferase 著者: Codreanu, S.G. / Ladner, J.E. / Xiao, G. / Stourman, N.V. / Hachey, D.L. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 978.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1008.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3gstS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25802.791 Da / 分子数: 2 / 変異: Y115F / 由来タイプ: 組換発現 詳細: COMPLEX WITH (9R,10R)-9-(S-GLUTATHIONYL)-10-HYDROXY-9,10-DIHROPHENANTHRENE 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: ammonoium sulfate at pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ji, X., (1992) Biochemistry, 31, 10169. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 143 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: BRUKER / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→10 Å / Num. obs: 21775 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 33 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 8 / % possible all: 91 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3GST 解像度: 2.2→10 Å / Num. parameters: 15571 / Num. restraintsaints: 15303 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3889 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor Rwork: 0.203 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |