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- PDB-1msz: Solution structure of the R3H domain from human Smubp-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1msz
タイトルSolution structure of the R3H domain from human Smubp-2
要素DNA-binding protein SMUBP-2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / R3H fold
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA helicase activity / RNA secondary structure unwinding / ATP-dependent activity, acting on RNA / DNA duplex unwinding / transcription factor binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / 5'-3' RNA helicase activity / ribosome binding / single-stranded DNA binding ...double-stranded DNA helicase activity / RNA secondary structure unwinding / ATP-dependent activity, acting on RNA / DNA duplex unwinding / transcription factor binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / 5'-3' RNA helicase activity / ribosome binding / single-stranded DNA binding / 5'-3' DNA helicase activity / growth cone / DNA helicase / tRNA binding / single-stranded RNA binding / nuclear body / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / axon / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helicase SMUBP-2/Hcs1-like / DNA-binding protein SMUBP-2, R3H domain / : / Helicase SMUBP-2/HCS1, 1B domain / R3H-like domain / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. ...Helicase SMUBP-2/Hcs1-like / DNA-binding protein SMUBP-2, R3H domain / : / Helicase SMUBP-2/HCS1, 1B domain / R3H-like domain / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. / Zinc finger, AN1-type / AN1-like Zinc finger / AN1-like Zinc finger / Zinc finger AN1-type profile. / AN1-like Zinc finger / : / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / DEAD-like helicases superfamily / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein SMUBP-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Liepinsh, E. / Leonchiks, A. / Sharipo, A. / Guignard, L. / Otting, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Solution structure of the R3H domain from human Smubp-2
著者: Liepinsh, E. / Leonchiks, A. / Sharipo, A. / Guignard, L. / Otting, G.
履歴
登録2002年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein SMUBP-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7071
ポリマ－9,7071
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein SMUBP-2


分子量: 9706.846 Da / 分子数: 1 / 断片: R3H domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Smubp-2 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P38935

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
NMR実験の詳細Text: Distance restraints collected from a NOESY spectrum with 40 ms mixing time.

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試料調製

詳細内容: 0.4mM R3H domain / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: no buffer added / pH: 6.9 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guentert構造決定
OPAL2.6Luginbuehl精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: structure based on 663 non-redundant NOEs, 123 coupling constants, and 170 dihedral-angle restraints derived from coupling constants, NOE data and preliminary structure calculations. The ...詳細: structure based on 663 non-redundant NOEs, 123 coupling constants, and 170 dihedral-angle restraints derived from coupling constants, NOE data and preliminary structure calculations. The number of Missing residues was so much that remark 465 for the missing residues list were removed.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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