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- PDB-1ms6: Dipeptide Nitrile Inhibitor Bound to Cathepsin S. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ms6
タイトルDipeptide Nitrile Inhibitor Bound to Cathepsin S.
要素Cathepsin S
キーワードHYDROLASE / cathepsin / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin S / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures ...cathepsin S / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / toll-like receptor signaling pathway / antigen processing and presentation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / fibronectin binding / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / laminin binding / collagen binding / MHC class II antigen presentation / phagocytic vesicle / Degradation of the extracellular matrix / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein processing / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / late endosome / tertiary granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / adaptive immune response / ficolin-1-rich granule lumen / lysosome / immune response / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BLN / Cathepsin S
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ward, Y.D. / Thomson, D.S. / Frye, L.L. / Cywin, C.L. / Morwick, T. / Emmanuel, M.J. / Zindell, R. / McNeil, D. / Bekkali, Y. / Giradot, M. ...Ward, Y.D. / Thomson, D.S. / Frye, L.L. / Cywin, C.L. / Morwick, T. / Emmanuel, M.J. / Zindell, R. / McNeil, D. / Bekkali, Y. / Giradot, M. / Hrapchak, M. / DeTuri, M. / Crane, K. / White, D. / Pav, S. / Wang, Y. / Hao, M.H. / Grygon, C.A. / Labadia, M.E. / Freeman, D.M. / Davidson, W. / Hopkins, J.L. / Brown, M.L. / Spero, D.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2002
タイトル: Design and synthesis of dipeptide nitriles as reversible and potent Cathepsin S inhibitors
著者: Ward, Y.D. / Thomson, D.S. / Frye, L.L. / Cywin, C.L. / Morwick, T. / Emmanuel, M.J. / Zindell, R. / McNeil, D. / Bekkali, Y. / Giradot, M. / Hrapchak, M. / DeTuri, M. / Crane, K. / White, D. ...著者: Ward, Y.D. / Thomson, D.S. / Frye, L.L. / Cywin, C.L. / Morwick, T. / Emmanuel, M.J. / Zindell, R. / McNeil, D. / Bekkali, Y. / Giradot, M. / Hrapchak, M. / DeTuri, M. / Crane, K. / White, D. / Pav, S. / Wang, Y. / Hao, M.H. / Grygon, C.A. / Labadia, M.E. / Freeman, D.M. / Davidson, W. / Hopkins, J.L. / Brown, M.L. / Spero, D.M.
履歴
登録2002年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1002
ポリマ－24,6981
非ポリマー4021
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.29, 85.29, 150.07
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Cathepsin S


分子量: 24697.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25774, cathepsin S
#2: 化合物 ChemComp-BLN / MORPHOLINE-4-CARBOXYLIC ACID [1S-(2-BENZYLOXY-1R-CYANO-ETHYLCARBAMOYL)-3-METHYL-BUTYL]AMIDE


分子量: 402.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.2K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
21.6-2.0 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 42565
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 95.9 % / Num. measured all: 545688 / Rmerge(I) obs: 0.146

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR98精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.197 2130 RANDOM
Rwork0.155 --
all0.169 42565 -
obs0.162 42565 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1685 0 29 0 1714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.77
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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