PDB-1ms1: Monoclinic form of Trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ms1

タイトル

Monoclinic form of Trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-N-acetylneuraminic acid (DANA)

要素

trans-sialidase

キーワード

HYDROLASE / transglycosylation / beta-propeller / protein-carbohydrate interactions / sialidase

機能・相同性

機能・相同性情報

ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase activity / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Buschiazzo, A. / Amaya, M.F. / Cremona, M.L. / Frasch, A.C. / Alzari, P.M.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
著者: Buschiazzo, A. / Amaya, M.F. / Cremona, M.L. / Frasch, A.C. / Alzari, P.M.

履歴

登録	2002年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp / struct_conn ...chem_comp / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2021年10月27日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年12月25日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

Remark 999

sequence Author indicates that the sequence in the database is incorrect

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ms1.cif.gz	278.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ms1.ent.gz	220.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ms1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/1ms1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/1ms1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mr5C 1ms0C 1ms3C 1ms4C 1ms5C 1ms8C 1ms9C 1mz5S 1mz6 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1s0i-d 1ms8-1 2ah2-d 2ags-d 5efz-2 1ms8-2 1n1s-d 1n1v-d 1ms3-1 1wcs-d 2fhr-d 1ms4-2 3pjq-d 1ms3-2 5cyo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: trans-sialidase

B: trans-sialidase

ヘテロ分子

144 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: trans-sialidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: trans-sialidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.719, 129.793, 88.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	trans-sialidase 分子量: 71389.258 Da / 分子数: 2 / 断片: enzymatic globular core / 変異: N58F,S495K,V496G,E520K,D593G,I597D,H599R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) プラスミド: pTrcHisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a-FT 参照: UniProt: Q26964, UniProt: Q26966*PLUS, exo-alpha-sialidase
#2: 糖	ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Neu5Ac2en タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇NO₈
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1096 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.74 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, TrisHCl, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.K

結晶化

*PLUS

pH: 8 / 手法: unknown

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	2 mM	DANA	1	1
2	2 M	ammonium sulfate	1	1
3	100 mM	HEPES	1	1	pH8.
4	2 %	PEG400	1	1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 155765 / Num. obs: 155765 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_sym value: 0.086
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / R_sym value: 0.421 / % possible all: 97.3
反射	PLUS 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs*: 0.086
反射シェル	PLUS % possible obs: 97.3 % / R_merge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs*: 2.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb id 1MZ5

1mz5

解像度: 1.8→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19924	6594	5 %	RANDOM
R_work	0.17547	-	-	-
all	0.17668	124387	-	-
obs	0.17668	124387	99.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.852 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.87 Å²	0 Å²	0.46 Å²
2-	-	-0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9662	0	58	1096	10816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	10071
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.325	1.943	13730
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.403	3	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.825	15	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.3	4714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.5	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.3	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.194	0.5	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.592	1.5	6221
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.103	2	10083
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.694	3	3850
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.81	4.5	3647
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.257	499
R_work	0.22	8869

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.199 / R_factor R_work: 0.177

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.32

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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