PDB-1mrz: Crystal structure of a flavin binding protein from Thermotoga Mar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mrz

タイトル

Crystal structure of a flavin binding protein from Thermotoga Maritima, TM379

要素

Riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Rossmann fold / flavin binding domain / 6-stranded beta barrel / nucleotide binding domain / Structural Genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center

機能・相同性

機能・相同性情報

riboflavin metabolic process / riboflavin kinase / FAD synthase / FMN adenylyltransferase activity / FAD biosynthetic process / riboflavin kinase activity / FMN biosynthetic process / riboflavin biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wang, W. / Kim, R. / Jancarik, J. / Yokota, H. / Kim, S.-H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of a flavin-binding protein from Thermotoga Maritima
著者: Wang, W. / Kim, R. / Jancarik, J. / Yokota, H. / Kim, S.-H.

履歴

登録	2002年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mrz.cif.gz	128.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mrz.ent.gz	99.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mrz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1mrz_validation.pdf.gz	462 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1mrz_full_validation.pdf.gz	478.9 KB	表示
XML形式データ	1mrz_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	1mrz_validation.cif.gz	40 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/1mrz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/1mrz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1t6z-d 1t6x-d 1t6y-d 1s4m-d 3lmm-2 2qlv-2 3lmm-4 4etw-d 6p8p-d 2x0f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BSGCAIR30409

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase

B: Riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase

ヘテロ分子

67.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.211, 83.095, 67.851
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase / TM379 / Flavin Binding Protein 分子量: 33665.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM379 / プラスミド: pSJS1244 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WZW1
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.54 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Na Citrate, 23% PEG 3350, 10% Glycerol, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 293K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	20 mM	Tris	1	drop	pH7.5
2	1 mM	EDTA	1	drop
3	10 %	glycerol	1	drop
4	21.5 mg/ml	protein	1	drop
5	0.2 mM	sodium citrate	1	reservoir
6	10 %	PEG4000	1	reservoir
7	5 %	glycerol	1	reservoir
8	10 %	propanol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97911 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 52473 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 27
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2670 / R_sym value: 0.299 / % possible all: 82.2
反射	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 51627 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs*: 0.038
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.93 Å / % possible obs: 82.2 % / 冗長度: 3.5 % / Num. unique obs: 2190 / R_merge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs*: 3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
DENZO		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MAD

解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 3.446 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23347	5117	10 %	RANDOM
R_work	0.21696	-	-	-
all	0.21859	-	-	-
obs	0.21696	51065	97.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.308 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7 Å²	0 Å²	0.34 Å²
2-	-	0.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4346	0	26	442	4814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	4448
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.126	1.976	5972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.511	3	529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.372	15	848
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.3	2067
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.5	555
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.175	0.3	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.162	0.5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.448	1.5	2649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.841	2	4284
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.56	3	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.524	4.5	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.28	392
R_work	0.241	3357

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9394	-0.3398	0.5107	1.6535	-0.3401	2.4842	-0.0502	-0.2406	-0.1497	-0.0525	0.0743	0.1228	0.0896	-0.0655	-0.0241	0.0583	-0.0113	-0.008	0.0159	0.0301	0.0605	5.0195	3.9082	8.6187
2	4.9518	-2.7412	-2.7648	5.2838	1.9803	3.729	-0.0757	-0.5975	0.2369	0.0189	0.2414	-0.6143	0.0062	0.7426	-0.1657	0.1215	0.1085	0.0112	0.4183	0.0758	0.1616	33.2126	-5.2988	14.0545
3	2.8702	-0.7786	0.4432	1.6285	-0.7937	1.731	-0.0762	-0.0708	-0.0663	0.0909	0.1574	0.0432	-0.0954	-0.1655	-0.0812	0.077	-0.0057	0.0049	0.0177	-0.0046	0.0569	15.2562	-9.4876	51.2756
4	2.1358	-0.3096	-0.0713	4.4312	-2.2235	6.141	0.0412	0.1007	-0.2069	-0.304	0.1609	0.3304	0.1802	-0.7048	-0.2021	0.1009	0.0212	-0.0101	0.2872	0.0598	0.1185	-6.6178	-1.4047	31.5969

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 166	2 - 166
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	178 - 219	178 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	226 - 259	226 - 259
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	264 - 288	264 - 288
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	302 - 467	2 - 167
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	478 - 518	178 - 218
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	527 - 589	227 - 289

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / R_factor R_free: 0.233 / R_factor R_work: 0.216

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.12
X-RAY DIFFRACTION	r_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_improper_angle_deg	2.51

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.93 Å

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