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- PDB-1mra: MANDELATE RACEMASE MUTANT D270N CO-CRYSTALLIZED WITH (S)-ATROLACTATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mra
タイトルMANDELATE RACEMASE MUTANT D270N CO-CRYSTALLIZED WITH (S)-ATROLACTATE
要素MANDELATE RACEMASE
キーワードRACEMASE / ISOMERASE / MANDELATE PATHWAY / ATROLACTATE / MAGNESIUM RACEMASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mandelate racemase / mandelate racemase activity / mandelate catabolic process / amino acid catabolic process / hydro-lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mandelate racemase / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / : / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like ...Mandelate racemase / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / : / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATROLACTIC ACID (2-PHENYL-LACTIC ACID) / Mandelate racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Clifton, J.G. / Petsko, G.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Mechanism of the reaction catalyzed by mandelate racemase: structure and mechanistic properties of the D270N mutant.
著者: Schafer, S.L. / Barrett, W.C. / Kallarakal, A.T. / Mitra, B. / Kozarich, J.W. / Gerlt, J.A. / Clifton, J.G. / Petsko, G.A. / Kenyon, G.L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Mechanism of the Reaction Catalyzed by Mandelate Racemase. 2. Crystal Structure of Mandelate Racemase at 2.5-A Resolution: Identification of the Active Site and Possible Catalytic Residues
著者: Neidhart, D.J. / Howell, P.L. / Petsko, G.A. / Powers, V.M. / Li, R.S. / Kenyon, G.L. / Gerlt, J.A.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: Mandelate Racemase and Muconate Lactonizing Enzyme are Mechanistically Distinct and Structurally Homologous
著者: Neidhart, D.J. / Kenyon, G.L. / Gerlt, J.A. / Petsko, G.A.
履歴
登録1996年3月12日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MANDELATE RACEMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7923
ポリマ－38,6021
非ポリマー1902
水2,000111
1
A: MANDELATE RACEMASE
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,33724
ポリマ－308,8138
非ポリマー1,52416
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area30280 Å2
ΔGint-214 kcal/mol
Surface area84270 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)125.000, 125.000, 107.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 MANDELATE RACEMASE


分子量: 38601.613 Da / 分子数: 1 / 変異: D270N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 解説: TRC PROMOTER / 遺伝子: MANDELATE RACEMASE / プラスミド: PKT230 / 遺伝子 (発現宿主): MANDELATE RACEMASE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11444, mandelate racemase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-APG / ATROLACTIC ACID (2-PHENYL-LACTIC ACID) / (+)-アトロ乳酸


分子量: 166.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THIS IS THE STRUCTURE OF THE MANDELATE RACEMASE MUTANT ASPARTATE 270 -> ASPARAGINE CO-CRYSTALLIZED ...THIS IS THE STRUCTURE OF THE MANDELATE RACEMASE MUTANT ASPARTATE 270 -> ASPARAGINE CO-CRYSTALLIZED WITH THE COMPETITIVE INHIBITOR (S)-ATROLACTIC ACID.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化詳細: THE INHIBITOR CONSTANT (K SUB I) FOR (S)-ATROLACTATE IS APPROXIMATELY 0.2 MILLIMOLAR; CRYSTALS WERE OBTAINED FROM A SOLUTION THAT CONTAINED 5 MILLIMOLAR INHIBITOR.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Mitra, B., (1995) Biochemistry, 34, 2777.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMTris1drop
210 mM1dropMgCl2
350 mM(S)-atrolactate1drop
413 mg/mlD270N1drop
55 mMatrolactate1drop
630 %1reservoirNH4(SO4)2
73 %(v/v)acetone1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年7月25日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 24713 / % possible obs: 74.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→20 Å / Isotropic thermal model: TNT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: TNT
詳細: RESIDUES LEU 18 - THR 31: THE ELECTRON DENSITY FOR THE RESIDUES IN THE "FLAP" REGION CONTAINED MULTIPLE BREAKS. IT IS LIKELY THAT THE "FLAP" RESIDUES WERE ACTUALLY PRESENT IN MULTIPLE ...詳細: RESIDUES LEU 18 - THR 31: THE ELECTRON DENSITY FOR THE RESIDUES IN THE "FLAP" REGION CONTAINED MULTIPLE BREAKS. IT IS LIKELY THAT THE "FLAP" RESIDUES WERE ACTUALLY PRESENT IN MULTIPLE CONFORMATIONS. HOWEVER, THEY WERE REFINED IN THESE CONFORMATIONS WITH THEIR OCCUPANCIES SET TO 1.0. CONSEQUENTLY, THEIR B-FACTORS ARE GREATER THAN THE REST OF THE PROTEIN. FURTHERMORE, THE LACK OF "ENCLOSING" ELECTRON DENSITY CAUSED MORE SIGNIFICANT GEOMETRIC DEVIATIONS DURING REFINEMENT.
反射数%反射
obs19219 74.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2698 0 13 111 2822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight数
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.7233745
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d251641
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0120.0259
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0140.02404
X-RAY DIFFRACTIONt_it8.12753
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0030.130
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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