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- PDB-1mp5: Y177F VARIANT OF S. ENTERICA RmlA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mp5
タイトルY177F VARIANT OF S. ENTERICA RmlA
要素Y177F VARIANT OF S. ENTERICA RmlA BOUND TO UDP-GLUCOSE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity / O antigen biosynthetic process / dTDP-rhamnose biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / biosynthetic process / nucleotide binding / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase, short form / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Barton, W.A. / Biggins, J.B. / Jiang, J. / Thorson, J.S. / Nikolov, D.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Expanding pyrimidine diphosphosugar libraries via structure-based nucleotidylyltransferase engineering
著者: Barton, W.A. / Biggins, J.B. / Jiang, J. / Thorson, J.S. / Nikolov, D.B.
履歴
登録2002年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年10月27日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_remark ...database_2 / pdbx_database_remark / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE Author states the sequence of the deposited model differs from the published sequence, ...SEQUENCE Author states the sequence of the deposited model differs from the published sequence, because there are confirmed natural mutations in the variant of Salmonella used in this entry.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Y177F VARIANT OF S. ENTERICA RmlA BOUND TO UDP-GLUCOSE
B: Y177F VARIANT OF S. ENTERICA RmlA BOUND TO UDP-GLUCOSE
C: Y177F VARIANT OF S. ENTERICA RmlA BOUND TO UDP-GLUCOSE
D: Y177F VARIANT OF S. ENTERICA RmlA BOUND TO UDP-GLUCOSE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,9108
ポリマ－129,6444
非ポリマー2,2654
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13610 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area42010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.700, 111.220, 131.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Y177F VARIANT OF S. ENTERICA RmlA BOUND TO UDP-GLUCOSE / Thymidylyltransferase


分子量: 32411.100 Da / 分子数: 4 / 変異: Y177F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9F7G8, UniProt: P26393*PLUS, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0, temperature 100K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
115-20 mg/mlprotein1drop
210 mM1dropKCl
35 mMHEPES1droppH7.4
41.8-1.9 Mammonium sulfate1reservoir
55-7.5 %(v/v)isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1395 Å
検出器日付: 2001年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 43514 / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
最高解像度: 2.75 Å / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.061

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解析

精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IIN

1iin


解像度: 2.75→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh&Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.29 3486 RANDOM
Rwork0.23 --
all-35556 -
obs-34202 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9041 0 144 0 9185
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.292 / Rfactor Rwork: 0.229
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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