+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mp3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | L89T VARIANT OF S. ENTERICA RmlA | ||||||
要素 | GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity / extracellular polysaccharide biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Barton, W.A. / Biggins, J.B. / Jiang, J. / Thorson, J.T. / Nikolov, D.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Expanding pyrimidine diphosphosugar libraries via structure-based nucleotidylyltransferase engineering 著者: Barton, W.A. / Biggins, J.B. / Jiang, J. / Thorson, J.T. / Nikolov, D.B. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 999 | SEQUENCE Author states the sequence of the deposited model differs from the published sequence, ...SEQUENCE Author states the sequence of the deposited model differs from the published sequence, because there are confirmed natural mutations in the variant of Salmonella used in this entry. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mp3.cif.gz | 123.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1mp3.ent.gz | 97.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mp3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mp3_validation.pdf.gz | 585.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1mp3_full_validation.pdf.gz | 600.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mp3_validation.xml.gz | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mp3_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/1mp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/1mp3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32415.045 Da / 分子数: 2 / 変異: L89T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9F7G8, UniProt: A0A6C6YZ99*PLUS, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-TTP / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0, temperature 100K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 1.072 Å |
検出器 | 日付: 2001年3月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.072 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 33576 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 |
-解析
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB EMTRY 1IIN 解像度: 2.2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.21 Å / 最低解像度: 8 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.281 / Rfactor Rwork: 0.243 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|