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- PDB-1mp1: Solution structure of the PWI motif from SRm160 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mp1
タイトルSolution structure of the PWI motif from SRm160
要素Ser/Arg-related nuclear matrix protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / four helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA splicing, via transesterification reactions / mRNA 3'-end processing / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RHOBTB1 GTPase cycle / RNA Polymerase II Transcription Termination / RHOBTB2 GTPase cycle / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing ...RNA splicing, via transesterification reactions / mRNA 3'-end processing / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RHOBTB1 GTPase cycle / RNA Polymerase II Transcription Termination / RHOBTB2 GTPase cycle / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear matrix / nuclear speck / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PWI domain / PWI domain / : / PWI domain superfamily / PWI domain / PWI domain profile. / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/arginine repetitive matrix protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Szymczyna, B.R. / Bowman, J. / McCracken, S. / Pineda-Lucena, A. / Lu, Y. / Cox, B. / Lambermon, M. / Graveley, B.R. / Arrowsmith, C.H. / Blencowe, B.J.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2003
タイトル: Structure and function of the PWI motif: a novel nucleic acid-binding domain that facilitates pre-mRNA processing.
著者: Szymczyna, B.R. / Bowman, J. / McCracken, S. / Pineda-Lucena, A. / Lu, Y. / Cox, B. / Lambermon, M. / Graveley, B.R. / Arrowsmith, C.H. / Blencowe, B.J.
履歴
登録2002年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ser/Arg-related nuclear matrix protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8691
ポリマ－12,8691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ser/Arg-related nuclear matrix protein


分子量: 12869.046 Da / 分子数: 1 / 断片: PWI motif (residues 27-134) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRm160 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-gold (DE3) / 参照: UniProt: Q8IYB3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.4mM PWI_motif U-15N,13C, 300mM NaCl, 25 mM phosphate buffer, 1mM DTT, 1mM inhibitor cocktail
溶媒系: 90% H20, 10%D2O
試料状態イオン強度: 300mM NaCl, 25mM phosphate buffer / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: DYANA / バージョン: 1.5 / 開発者: Guntert / 分類: 精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on 3085 NOE-derived distance constraints, 106 dihedral angle restraints, and 44 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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