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万見
- PDB-1moz: ADP-ribosylation factor-like 1 (ARL1) from Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1moz
タイトルADP-ribosylation factor-like 1 (ARL1) from Saccharomyces cerevisiae
要素ADP-ribosylation factor-like protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / GTP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / trans-Golgi network membrane organization / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / protein localization to Golgi apparatus / protein localization to phagophore assembly site / protein targeting to vacuole / Golgi to plasma membrane protein transport / protein-containing complex localization / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation ...Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / trans-Golgi network membrane organization / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / protein localization to Golgi apparatus / protein localization to phagophore assembly site / protein targeting to vacuole / Golgi to plasma membrane protein transport / protein-containing complex localization / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation / vesicle-mediated transport / response to endoplasmic reticulum stress / macroautophagy / intracellular protein transport / trans-Golgi network / endocytosis / cellular response to heat / endosome membrane / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Small GTPase superfamily, ARF type / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Small GTPase superfamily, ARF type / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP-ribosylation factor-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Amor, J.C. / Horton, J.R. / Zhu, X. / Wang, Y. / Sullards, C. / Ringe, D. / Cheng, X. / Kahn, R.A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structures of Yeast ARF2 and ARL1: DISTINCT ROLES FOR THE N TERMINUS IN THE STRUCTURE AND FUNCTION OF ARF FAMILY GTPases
著者: Amor, J.C. / Horton, J.R. / Zhu, X. / Wang, Y. / Sullards, C. / Ringe, D. / Cheng, X. / Kahn, R.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: ADP-ribosylation factors (ARFs) and ARF-like 1 (ARL1) have both specific and shared effectors: characterizing ARL1-binding proteins.
著者: Van Valkenburgh, H. / Shern, J.F. / Sharer, J.D. / Zhu, X. / Kahn, R.A.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Characterization of an ADP-ribosylation factor-like 1 protein in Saccharomyces cerevisiae.
著者: Lee, F.J. / Huang, C.F. / Yu, W.L. / Buu, L.M. / Lin, C.Y. / Huang, M.C. / Moss, J. / Vaughan, M.
履歴
登録2002年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor-like protein 1
B: ADP-ribosylation factor-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7954
ポリマ－40,9092
非ポリマー8862
水28816
1
A: ADP-ribosylation factor-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8982
ポリマ－20,4541
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADP-ribosylation factor-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8982
ポリマ－20,4541
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.250, 104.250, 45.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor-like protein 1 / ARL1


分子量: 20454.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: PET3C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38116
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: polyethylene glycol 8000, TRIS, GDP, MgCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %PEG80001reservoir
215 %glycerol1reservoir
30.1 MTris1reservoirpH8.5
41 mMprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月30日 / 詳細: first generation Osmic multilayer
放射モノクロメーター: Confocal Multilayer Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→28 Å / Num. all: 9420 / Num. obs: 9179 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 3.17→3.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.217 / Num. unique all: 453 / % possible all: 94.6
反射
*PLUS
最低解像度: 28 Å / Num. measured all: 30535

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解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RRF

1rrf


解像度: 3.17→28 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2458 959 RANDOM
Rwork0.206 --
all0.25 9179 -
obs0.24 8220 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.38 Å
Luzzati d res low-28 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.17→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2666 0 56 16 2738
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0077
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
LS精密化 シェル解像度: 3.17→3.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.018
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3346 39 -
Rwork0.3177 --
obs-453 93 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 28 Å / Rfactor Rfree: 0.242
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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