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万見
- PDB-1mow: E-DreI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mow
タイトルE-DreI
要素
  • 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*G)-3'
  • chimera of homing endonuclease I-DmoI and DNA endonuclease I-CreI
キーワードHydrolase/DNA / LAGLIDADG / homing / engineering / design / endonuclease / Hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / intein-mediated protein splicing / chloroplast / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG endonuclease / LAGLIDADG-like domain / Intein / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA endonuclease I-CreI / Homing endonuclease I-DmoI
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfurococcus mobilis (古細菌)
Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chevalier, B.S. / Kortemme, T. / Chadsey, M.S. / Baker, D. / Monnat Jr., R.J. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: Design, Activity and Structure of a Highly Specific Artificial Endonuclease
著者: Chevalier, B.S. / Kortemme, T. / Chadsey, M.S. / Baker, D. / Monnat Jr., R.J. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2002年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*G)-3'
I: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*G)-3'
K: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*G)-3'
L: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*G)-3'
A: chimera of homing endonuclease I-DmoI and DNA endonuclease I-CreI
D: chimera of homing endonuclease I-DmoI and DNA endonuclease I-CreI
G: chimera of homing endonuclease I-DmoI and DNA endonuclease I-CreI
J: chimera of homing endonuclease I-DmoI and DNA endonuclease I-CreI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,35946
ポリマ－176,59512
非ポリマー2,76434
水8,179454
1
B: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*G)-3'
A: chimera of homing endonuclease I-DmoI and DNA endonuclease I-CreI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,62721
ポリマ－44,1493
非ポリマー1,47818
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*G)-3'
D: chimera of homing endonuclease I-DmoI and DNA endonuclease I-CreI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,43519
ポリマ－44,1493
非ポリマー1,28616
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
H: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*G)-3'
I: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*G)-3'
G: chimera of homing endonuclease I-DmoI and DNA endonuclease I-CreI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1493
ポリマ－44,1493
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
K: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*G)-3'
L: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*G)-3'
J: chimera of homing endonuclease I-DmoI and DNA endonuclease I-CreI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1493
ポリマ－44,1493
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.760, 131.760, 120.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 BEHKCFIL

#1: DNA鎖
5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*G)-3'


分子量: 7001.524 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA target site (top strand)
#2: DNA鎖
5'-D(*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*G)-3'


分子量: 7121.597 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA target site (bottom strand)

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ADGJ

#3: タンパク質
chimera of homing endonuclease I-DmoI and DNA endonuclease I-CreI


分子量: 30025.645 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The chimera contains large domain of I-DmoI fused to one subunit of I-CreI: E-DreI protein
由来: (組換発現) Desulfurococcus mobilis (古細菌), (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
属: Desulfurococcus, Chlamydomonas / 生物種: , / 株: , / プラスミド: pDre16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3]
参照: UniProt: p21505, UniProt: p05725, UniProt: P21505*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 4種, 488分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulphate, MES, magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulphate11
2MES11
3MgCl211
4MgCl212
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.1-2.4 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mM1reservoirpH6.5
310 mM1reservoirMgCl2
41

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 91595 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 91688 / % possible obs: 99 % / Num. measured all: 305673

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: E-DreI computational model; I-CreI/DNA complex (RCSB 1G9Z)

1g9z


解像度: 2.4→19.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1748854.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 4592 5 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs-91595 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 84.5375 Å2 / ksol: 0.363178 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 69.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.62 Å22.26 Å20 Å2
2---2.62 Å20 Å2
3---5.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6352 3747 164 454 10717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.781.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it27.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it31.992.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 774 5.1 %
Rwork0.305 14512 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION5GLYCEROL.PARAM
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.256 / Rfactor Rwork: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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