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万見
- PDB-1mnx: The Solution Structure of the Loop E Region of the 5S rRNA from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mnx
タイトルThe Solution Structure of the Loop E Region of the 5S rRNA from Spinach Chloroplasts.
要素Loop E from 5S rRNA
キーワードRNA / Loop E / 5S rRNA
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Vallurupalli, P. / Moore, P.B.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Solution Structure of the Loop E Region of the 5S rRNA from Spinach Chloroplasts
著者: Vallurupalli, P. / Moore, P.B.
#1: ジャーナル: RNA / 年: 1998
タイトル: The 5S rRNA loop E: Chemical probing and phylogenetic data versus crystal structure
著者: Leontis, N.B. / Westhof, E.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The loop E-loop D region of Escherichia coli 5S rRNA: the solution structure reveals an unusual loop that may be important for binding ribosomal proteins.
著者: Dallas, A. / Moore, P.B.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Metals, Motifs, and Recognition in the Crystal Structure of a 5S rRNA domain
著者: Correll, C. / Freeborn, B. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Structure of Escherichia coli ribosomal protein L25 complexed with a 5S rRNA fragment at 1.8-A resolution
著者: Lu, M. / Steitz, T.A.
#5: ジャーナル: Embo J. / 年: 1999
タイトル: The NMR structure of the 5S rRNA E-domain-protein L25 complex shows preformed and induced recognition
著者: Stoldt, M. / Wohnert, J. / Ohlenschlager, O. / Gorlach, M. / Brown, L.R.
#6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988
タイトル: Higher order structure of chloroplastic 5S ribosomal RNA from spinach.
著者: Romby, P. / Westhof, E. / Toukifimpa, R. / Mache, R. / Ebel, J.P. / Ehresmann, C. / Ehresmann, B.
履歴
登録2002年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年5月25日Group: Source and taxonomy
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Loop E from 5S rRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6671
ポリマ－13,6671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)13 / 65structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 Loop E from 5S rRNA


分子量: 13667.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was in vitro transcribed using T7 RNA polymerase from a linearized plasmid containing the required sequence. The sequence is naturally found in Spinacia oleracea (Spinach) cholorplasts.
由来: (合成) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111(NOESY, HSQC for imino/amino assignments)
221(NOESY, DQF-COSY, HSQC, NOESY-HMQC, (H)CCH COSY, etc. See paper for more details.)
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using data obtained from homonuclear and heteronuclear experiments.

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試料調製

詳細内容: RNA molecule (1mM-2mM) in 50 mM NaCl, 2.5mM Cacodylate, 0.1mM EDTA, pH 6.0
溶媒系: H2O, D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150mM 6.0 1 atm298 K
250mM 6.0 1 atm278 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix95MSI解析
CNS1Brunger, Adams, Clore, Delano, Gros, Grosse-Kunstleve, Jiang, Kuszewski, Nilges, Pannu, Read, Rice, Simonson, Warren精密化
Sparky3Goddard and Knellerデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Distance, Dihedral, Planarity restraints were used in the first round, followed by dipolar couplings in the second round (See paper for details)
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 65 / 登録したコンフォーマーの数: 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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