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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mn9 | ||||||
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タイトル | NDP kinase mutant (H122G) complex with RTP | ||||||
要素 | NDP kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / NDP kinase-Ribavirin complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / asexual reproduction / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process ...dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / asexual reproduction / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / negative regulation of exocytosis / negative regulation of phagocytosis / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / translational elongation / phagocytic vesicle / secretory granule / response to bacterium / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / ribosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Gallois-montbrun, S. / Chen, Y. / Dutartre, H. / Morera, S. / Guerreiro, C. / Mulard, L. / Schneider, B. / Janin, J. / Canard, B. / Veron, M. / Deville-bonne, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: MOL.PHARMACOL. / 年: 2003 タイトル: Structural Analysis of the Activation of Ribavirin Analogs by NDP Kinase: Comparison with Other Ribavirin Targets 著者: Gallois-montbrun, S. / Chen, Y. / Dutartre, H. / Sophys, M. / Morera, S. / Guerreiro, C. / Schneider, B. / Mulard, L. / Janin, J. / Veron, M. / Deville-bonne, D. / Canard, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mn9.cif.gz | 99.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mn9.ent.gz | 77.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mn9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mn9_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mn9_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1mn9_validation.xml.gz | 20.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mn9_validation.cif.gz | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/1mn9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/1mn9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16735.242 Da / 分子数: 3 / 変異: H122G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22887, nucleoside-diphosphate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 550, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.542 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月10日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 10647 / Num. obs: 10546 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Num. unique all: 10566 / Rsym value: 0.117 / % possible all: 99.1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 10566 / Num. measured all: 93018 / Rmerge(I) obs: 0.117 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→20.2 Å / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20.2 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |