[日本語] English
万見
- PDB-1mn8: Structure of Moloney Murine Leukaemia Virus Matrix Protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mn8
タイトルStructure of Moloney Murine Leukaemia Virus Matrix Protein
要素Core protein p15
キーワードVIRAL PROTEIN / HELICAL BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell uropod / host cell late endosome membrane / viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / host cell plasma membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gamma-retroviral matrix domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / : / Retroviral matrix protein ...Gamma-retroviral matrix domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / : / Retroviral matrix protein / DNA polymerase; domain 1 / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Riffel, N. / Harlos, K. / Iourin, O. / Rao, Z. / Kingsman, A. / Stuart, D. / Fry, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Atomic resolution structure of Moloney murine leukaemia virus matrix protein and its relationship to other retroviral matrix proteins.
著者: Riffel, N. / Harlos, K. / Iourin, O. / Rao, Z. / Kingsman, A. / Stuart, D. / Fry, E.
履歴
登録2002年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Core protein p15
B: Core protein p15
C: Core protein p15
D: Core protein p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7924
ポリマ－45,7924
非ポリマー00
水10,251569
1
A: Core protein p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4481
ポリマ－11,4481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Core protein p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4481
ポリマ－11,4481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Core protein p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4481
ポリマ－11,4481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Core protein p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4481
ポリマ－11,4481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.8, 49.5, 50.8
Angle α, β, γ (deg.)71.9, 81.9, 80.0
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Core protein p15 / M-MuLV Matrix protein p15


分子量: 11448.051 Da / 分子数: 4 / 断片: M-MuLV C-terminally truncated / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
属: Gammaretrovirus / 生物種: Murine leukemia virus / 遺伝子: p15 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (D3) / 参照: UniProt: P03332
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES-Na pH 7.5, 1.4M sodium citrate, 100mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
13 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES-Na1reservoirpH7.5
31.4 Msodium citrate1reservoir
4100 mM1reservoirNaCl

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.9777
シンクロトロンSRS PX14.220.978
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 41CCD
ADSC QUANTUM 42CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97771
20.9781
反射解像度: 1→20 Å / Num. all: 141760 / Num. obs: 141760 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1→1.04 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9
反射
*PLUS
% possible obs: 86 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1 Å

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.169 --
all0.133 141625 -
obs-141625 86 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3163 0 0 569 3732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d2.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.133
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る