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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mmg | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURES OF THE MGADP, MGATPGAMMAS, AND MGAMPPNP COMPLEXES OF THE DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM MYOSIN MOTOR DOMAIN | ||||||
![]() | MYOSIN | ||||||
![]() | COILED COIL / MYOSIN / DICTYOSTELIUM / MOTOR / NUCLEOTIDE ANALOGUES / ATPGS / ATPASE / ACTIN-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / response to differentiation-inducing factor 1 / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge ...calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / response to differentiation-inducing factor 1 / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge / contractile vacuole organization / myosin filament assembly / aggregation involved in sorocarp development / culmination involved in sorocarp development / RHO GTPases activate PAKs / adenyl nucleotide binding / hypotonic response / actomyosin contractile ring / uropod / apical cortex / detection of mechanical stimulus / negative regulation of actin filament polymerization / actin-myosin filament sliding / bleb assembly / actomyosin / substrate-dependent cell migration, cell extension / filopodium assembly / myosin filament / early phagosome / myosin II complex / cortical actin cytoskeleton organization / cortical actin cytoskeleton / microfilament motor activity / pseudopodium / cytoskeletal motor activity / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / response to mechanical stimulus / response to cAMP / 14-3-3 protein binding / extracellular matrix / cell motility / response to hydrogen peroxide / chemotaxis / actin filament binding / intracellular protein localization / regulation of cell shape / cytoplasmic vesicle / cell cortex / cytoskeleton / calmodulin binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gulick, A.M. / Bauer, C.B. / Thoden, J.B. / Rayment, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structures of the MgADP, MgATPgammaS, and MgAMPPNP complexes of the Dictyostelium discoideum myosin motor domain. 著者: Gulick, A.M. / Bauer, C.B. / Thoden, J.B. / Rayment, I. #1: ![]() タイトル: X-Ray Structures of the Myosin Motor Domain of Dictyostelium Discoideum Complexed with Mgadp(Dot)Befx and Mgadp(Dot)Alf4- 著者: Fisher, A.J. / Smith, C.A. / Thoden, J.B. / Smith, R. / Sutoh, K. / Holden, H.M. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 168.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 760 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 812.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 86781.086 Da / 分子数: 1 / 断片: MOTOR DOMAIN / 変異: Q760L, R761P, I762N / 由来タイプ: 組換発現 詳細: GENETICALLY TRUNCATED HEAD OF MYOSIN FROM DICTYOSTELIUM. LIGANDS MG2+, ATPGS 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P08799, EC: 3.6.1.32 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-AGS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 1996年7月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 58467 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 91.6 |
反射 | *PLUS Num. obs: 77182 / Num. measured all: 310844 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1MMD 解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.226 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 42.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.007 |