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万見
- PDB-1mmf: Crystal structure of substrate free form of glycerol dehydratase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mmf
タイトルCrystal structure of substrate free form of glycerol dehydratase
要素(glycerol dehydrase ...) x 3
キーワードLYASE / Glycerol dehydratase / Diol dehydratase / Coenzyme B12 / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol dehydratase / glycerol dehydratase activity / propanediol dehydratase / propanediol dehydratase activity / cobalamin binding
類似検索 - 分子機能
Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Hypothetical Protein Yqey; Chain: A; domain1 / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, medium subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit superfamily / Diol/glycerol dehydratase, large subunit superfamily / Dehydratase large subunit / Dehydratase small subunit ...Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Hypothetical Protein Yqey; Chain: A; domain1 / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, medium subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit superfamily / Diol/glycerol dehydratase, large subunit superfamily / Dehydratase large subunit / Dehydratase small subunit / Diol/glycerol dehydratase/dehydratase reactivating factor / Dehydratase medium subunit / B12-dependent dehydatase associated subunit / B12-dependent dehydratases, beta subunit / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / : / Glycerol dehydrase beta subunit / Glycerol dehydrase gamma subunit / Glycerol dehydrase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liao, D.I. / Dotson, G. / Turner, I. / Reiss, L. / Emptage, M.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of substrate free form of glycerol dehydratase
著者: Liao, D.I. / Dotson, G. / Turner, I. / Reiss, L. / Emptage, M.
履歴
登録2002年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycerol dehydrase alpha subunit
B: glycerol dehydrase beta subunit
G: glycerol dehydrase gamma subunit
L: glycerol dehydrase alpha subunit
E: glycerol dehydrase beta subunit
M: glycerol dehydrase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,13210
ポリマ－196,3936
非ポリマー2,7394
水3,729207
1
A: glycerol dehydrase alpha subunit
B: glycerol dehydrase beta subunit
G: glycerol dehydrase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,5665
ポリマ－98,1963
非ポリマー1,3692
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8740 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area31310 Å2
手法PISA
2
L: glycerol dehydrase alpha subunit
E: glycerol dehydrase beta subunit
M: glycerol dehydrase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,5665
ポリマ－98,1963
非ポリマー1,3692
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8730 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area31850 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26150 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area54480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.70, 110.07, 114.69
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biologyical assembly of glycerol dehydratase is a heterohexamer. It is a dimer of alpha-beta-gamma trimers. The asymmetric unit in the crystal contains an entire heterohexamer. Chain names for subunits are A, B, and G fare one trimer and L, E and M for the second trimer.

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要素

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Glycerol dehydrase ... , 3種, 6分子 ALBEGM

#1: タンパク質 glycerol dehydrase alpha subunit / glycerol dehydratase alpha subunit


分子量: 60714.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / プラスミド: pBluescript SKII / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q59476, glycerol dehydratase
#2: タンパク質 glycerol dehydrase beta subunit / glycerol dehydratase beta subunit


分子量: 21353.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / プラスミド: pBluescript SKII / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: O08505, glycerol dehydratase
#3: タンパク質 glycerol dehydrase gamma subunit / glycerol dehydratase gamma subunit


分子量: 16128.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / プラスミド: pBluescript SKII / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q59475, glycerol dehydratase

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非ポリマー , 3種, 211分子

#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.4
詳細: Amonium sulfate, RbCl2, CdCl2, cyanocobalamin, CHES, pH 9.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11.1-1.3 Mammonium sulfate1reservoir
20.2 M1reservoirRbCl
30.2 mM1reservoirCdCl2
40.2 Mcyanocobalamin1reservoir
50.1 MCHES-KOH1reservoirpH9.4-9.7
68 mg/mlprotein1drop
750 mMHEPES-KOH1droppH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 67426 / Num. obs: 67426 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 50.1
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 302300
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 50.1 % / Rmerge(I) obs: 0.14

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DIO

1dio


解像度: 2.5→30 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数
Rfree0.269 3246
Rwork0.228 -
all-67426
obs-64004
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13391 0 184 207 13782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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