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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mmd | ||||||
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タイトル | TRUNCATED HEAD OF MYOSIN FROM DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM COMPLEXED WITH MGADP-BEF3 | ||||||
![]() | MYOSIN | ||||||
![]() | CONTRACTILE PROTEIN / ATPASE / MYOSIN / COILED COIL / ACTIN-BINDING / ATP-BINDING / HEPTAD REPEAT PATTERN / METHYLATION / ALKYLATION / PHOSPHORYLATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge / contractile vacuole organization ...calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge / contractile vacuole organization / myosin filament assembly / aggregation involved in sorocarp development / culmination involved in sorocarp development / RHO GTPases activate PAKs / adenyl nucleotide binding / response to differentiation-inducing factor 1 / hypotonic response / uropod / mitotic actomyosin contractile ring / actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / actin-myosin filament sliding / detection of mechanical stimulus / apical cortex / negative regulation of actin filament polymerization / bleb assembly / actomyosin / substrate-dependent cell migration, cell extension / myosin filament / filopodium assembly / early phagosome / cortical actin cytoskeleton organization / myosin II complex / cortical actin cytoskeleton / microfilament motor activity / pseudopodium / cytoskeletal motor activity / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / response to mechanical stimulus / 14-3-3 protein binding / response to cAMP / extracellular matrix / muscle contraction / cell motility / response to hydrogen peroxide / protein localization / chemotaxis / actin filament binding / cell cortex / regulation of cell shape / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / calmodulin binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Fisher, A.J. / Holden, H.M. / Rayment, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structures of the myosin motor domain of Dictyostelium discoideum complexed with MgADP.BeFx and MgADP.AlF4-. 著者: Fisher, A.J. / Smith, C.A. / Thoden, J.B. / Smith, R. / Sutoh, K. / Holden, H.M. / Rayment, I. #1: ![]() タイトル: Force-Generating Domain of Myosin Motor 著者: Itakura, S. / Yamakawa, H. / Toyoshima, Y.Y. / Ishijima, A. / Kojima, T. / Harada, Y. / Yanagida, T. / Wakabayashi, T. / Sutoh, K. #2: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Myosin Subfragment-1: A Molecular Motor 著者: Rayment, I. / Rypniewski, W.R. / Schmidt-Base, K. / Smith, R. / Tomchick, D.R. / Benning, M.M. / Winkelmann, D.A. / Wesenberg, G. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 131.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 488.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 86749.008 Da / 分子数: 1 / 断片: MOTOR DOMAIN / 変異: Q760L, R761P, I762N / 由来タイプ: 組換発現 詳細: GENETICALLY TRUNCATED HEAD OF MYOSIN FROM DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM, LIGANDS ADP AND BEF(3) 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P08799, EC: 3.6.1.32 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#4: 化合物 | ChemComp-BEF / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
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検出器 | 日付: 1994年5月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.033 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 63717 / % possible obs: 88 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.191 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_planar_d / Dev ideal: 0.007 |