PDB-1mm0: Solution structure of termicin, an antimicrobial peptide from the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mm0

タイトル

Solution structure of termicin, an antimicrobial peptide from the termite Pseudacanthotermes spiniger

要素

Termicin

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Termite / Cytein-rich / Antimicrobial peptide / Insect defensin / CSab motif

機能・相同性

Termicin / Antifungal peptide termicin / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Termicin

機能・相同性情報

生物種

Pseudacanthotermes spiniger (ゴキブリ)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Da Silva, P. / Jouvensal, L. / Lamberty, M. / Bulet, P. / Caille, A. / Vovelle, F.

引用

ジャーナル: PROTEIN SCI. / 年: 2003
タイトル: Solution structure of termicin, an antimicrobial peptide from the termite Pseudacanthotermes spiniger
著者: Da Silva, P. / Jouvensal, L. / Lamberty, M. / Bulet, P. / Caille, A. / Vovelle, F.

履歴

登録	2002年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mm0.cif.gz	222.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mm0.ent.gz	183.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mm0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1mm0_validation.pdf.gz	334.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1mm0_full_validation.pdf.gz	414.6 KB	表示
XML形式データ	1mm0_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	1mm0_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/1mm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/1mm0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ptr-d 185d-d 5w9f-d 4jd8-d 1ro3-1 1ro3-d 6atu-6 1gpt-d 5jhi-d 6atu-14 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Termicin

4.23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Termicin 分子量: 4227.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudacanthotermes spiniger (ゴキブリ) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P82321
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 2mM Termicin; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 3.9 / 圧: ambient / 温度: 300 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1		解析
XEASY	6001	Bartels et al.	データ解析
ARIA	1.1	Linge et al	データ解析
CNS	1.1	Brunger et al	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 834 restraints, 796 NOE-derived distance constraints, 26 dihedral angle restraints, 12 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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