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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mlx | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of a 2'-O-[2-(Methylthio)-ethyl]-Modified Oligodeoxynucleotide Duplex | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / DOUBLE HELIX / A-FORM / ANTISENSE MODIFICATION / NUCLEIC ACID ANALOGUE / RNA AFFINITY / NUCLEASE RESISTANCE / PROTEIN BINDING AFFINITY / HIGH RESOLUTION STRUCTURE / HYDRATION | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Prakash, T.P. / Manoharan, M. / Kawasaki, A.M. / Fraser, A.S. / Lesnik, E.A. / Sioufi, N. / Leeds, J.M. / Teplova, M. / Egli, M. | ![]() ![]() タイトル: 2'-O-[2-(Methylthio)ethyl]-Modified Oligonucleotide: An Analogue of 2'-O-[2-(Methoxy)-ethyl]-Modified Oligonucleotide with Improved Protein Binding Properties and High Binding Affinity to Target RNA 著者: Prakash, T.P. / Manoharan, M. / Kawasaki, A.M. / Fraser, A.S. / Lesnik, E.A. / Sioufi, N. / Leeds, J.M. / Teplova, M. / Egli, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 381.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 392.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3135.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid phase oligonucleotide synthesis #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.84 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: sodium cacodylate, potassium chloride, spermine tetrahydrochloride, 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月17日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→20 Å / Num. all: 14088 / Num. obs: 12796 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.03 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.313 / Num. unique all: 1341 / % possible all: 93.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 14054 / % possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.141 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 1.25 Å / Rfactor Rwork: 0.141 | ||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.2 Å | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |