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- PDB-1ml2: Crystal Structure of a Mutant Variant of Cytochrome c Peroxidase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ml2
タイトルCrystal Structure of a Mutant Variant of Cytochrome c Peroxidase with Zn(II)-(20-oxo-Protoporphyrin IX)
要素Cytochrome c Peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome c peroxidase / ZnCcP / Zn-Protoporphyrin IX / oxygen radical / Trp cation radical / Trp-Tyr Covalent Cross-link
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase ...Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
20-OXO-PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN(II) / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Bhaskar, B. / Immoos, C.E. / Shimizu, H. / Farmer, P.J. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: A Novel Heme and Peroxide-Dependent Tryptophan-Tyrosine Cross-Link in a Mutant of Cytochrome c Peroxidase
著者: Bhaskar, B. / Immoos, C.E. / Shimizu, H. / Sulc, F. / Farmer, P.J. / Poulos, T.L.
履歴
登録2002年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral
Remark 400COMPOUND ZN(II)-PROTOPORPHYRIN IX INCORPORATED INTO H52Y MUTANT OF CCP. IN THE PRESENCE OF REDOX ...COMPOUND ZN(II)-PROTOPORPHYRIN IX INCORPORATED INTO H52Y MUTANT OF CCP. IN THE PRESENCE OF REDOX INACTIVE ZN-PORPHRIN NO TRP-TYR COVALENT CROSS-LINK.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c Peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2382
ポリマ－33,5961
非ポリマー6421
水9,116506
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.487, 50.998, 118.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c Peroxidase / CCP


分子量: 33596.266 Da / 分子数: 1 / 変異: H52Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: OPBYC / プラスミド: pT7CcP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-ZEM / 20-OXO-PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN(II) / ZN(II)-(20-OXO-PROTOPORPHYRIN IX)


分子量: 642.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32N4O5Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2-Methyl-2,4-Pentanediol (MPD), tris-phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
116 mg/mlprotein1drop
250 mMKPB1dropor Tris-phosphate, pH6.0
318 %MPD1drop
430 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 116 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月24日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→100 Å / Num. obs: 34532 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.74 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 44.47
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4.67 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Mean I/σ(I) obs: 11.36 / Num. unique all: 1614 / Rsym value: 0.121 / % possible all: 86.8
反射
*PLUS
% possible obs: 91.2 % / Num. measured all: 434384
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
X-GENデータ削減
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry : 1MK8 - H52Y1 Structure

1mk8


解像度: 1.65→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2151 1741 -RANDOM
Rwork0.1831 ---
all-37716 --
obs-34380 91.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.5538 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2384 0 44 506 2934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.0048
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.18
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.65-1.710.27131600.3052X-RAY DIFFRACTION30578.891
1.71-1.780.26361790.2459X-RAY DIFFRACTION30598.897
1.78-1.860.2031410.1972X-RAY DIFFRACTION30979.008
1.86-1.960.24281790.1985X-RAY DIFFRACTION31199.072
1.96-2.080.20871740.1841X-RAY DIFFRACTION31909.27
2.08-2.240.21381530.1874X-RAY DIFFRACTION32739.52
2.24-2.460.2271850.1868X-RAY DIFFRACTION32919.57
2.46-2.820.2341950.1876X-RAY DIFFRACTION34209.94
2.82-3.550.1881850.1639X-RAY DIFFRACTION350710.2
3.55-500.19891900.1615X-RAY DIFFRACTION362610.54
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 4.6 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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