PDB-1mkz: Crystal structure of MoaB protein at 1.6 A resolution.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mkz

タイトル

Crystal structure of MoaB protein at 1.6 A resolution.

要素

Molybdenum cofactor biosynthesis protein B

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / MAD / Weak anomalous signal / Molybdopterin synthesis / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / protein hexamerization / GTP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Sanishvili, R. / Skarina, T. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The crystal structure of Escherichia coli MoaB suggests a probable role in molybdenum cofactor synthesis.
著者: Sanishvili, R. / Beasley, S. / Skarina, T. / Glesne, D. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Savchenko, A.

履歴

登録	2002年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE F134L is either a gene sequencing error or else there was a mutation introduced during PCR.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mkz.cif.gz	85.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mkz.ent.gz	65.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mkz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1mkz_validation.pdf.gz	396.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1mkz_full_validation.pdf.gz	401.7 KB	表示
XML形式データ	1mkz_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	1mkz_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/1mkz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/1mkz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1r2k-d 6yjm-d 3zrj-d 5gng-d 3i2a-d 6nm4-d 3wah-d 3q0b-1 3g08-d 3pom-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC063

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein B

B: Molybdenum cofactor biosynthesis protein B

ヘテロ分子

38.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.169, 69.169, 126.184
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

詳細

Biological assembly could be symmetry generated trimer or hexamer

#1: タンパク質	Molybdenum cofactor biosynthesis protein B 分子量: 18938.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MoaB / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30746, UniProt: P0AEZ9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.53 %

結晶化

*PLUS

温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	2.0 M	ammonium sulfate	1	reservoir
2	20 %(v/v)	ethylene glycol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: sagitally focusing double crystal monochromator プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.6→129.1 Å / Num. obs: 42215
反射	PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 129.1 Å / Num. obs: 55534 / % possible obs: 99.4 % / Num. measured all: 311387 / R_merge(I) obs*: 0.057
反射シェル	PLUS % possible obs: 99 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs*: 2.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
CNS		精密化
WARP		モデル構築
d*TREK		データスケーリング
d*TREK		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

解像度: 1.6→129.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 1.703 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21871	2248	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18284	-	-	-
obs	0.18461	42215	94.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.768 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	-0.02 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→129.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2679	0	35	247	2961

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.885	1.955	3754
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	3	5920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.285	5	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3019
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	537
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.3	539
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.266	0.3	2945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.5	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.198	0.3	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.329	0.3	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.278	0.5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.886	1.5	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.487	2	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.595	3	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.641	4.5	959
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.271	176
R_work	0.206	2876

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2326	-0.2393	0.1305	1.2564	0.0632	2.5274	-0.0314	-0.204	-0.0731	0.2121	-0.0058	0.1123	0.0745	-0.0532	0.0372	0.0799	-0.0047	0.0455	0.0994	-0.0011	0.1154	17.8553	14.0231	48.2434
2	0.943	0.2865	-0.4649	1.2244	-0.0371	2.4576	-0.0396	0.0791	0.0268	-0.0657	-0.0012	0.1079	0.0413	-0.1745	0.0408	0.0136	-0.011	-0.0294	0.0261	-0.0014	0.1001	18.1766	12.9952	14.6819
3	0.3565	-0.0275	-0.1816	0.3484	0.1004	2.0293	-0.0206	-0.0496	-0.0284	0.0433	-0.0046	0.1093	0.1077	-0.101	0.0252	0.1456	-0.0161	-0.0008	0.164	0.0225	0.2571	17.7346	12.3633	28.7149

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 172	3 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 172	2 - 172
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A - B	M - N	1202 - 1336	1 - 133

精密化

*PLUS

最低解像度: 129.1 Å / R_factor R_free: 0.219 / R_factor R_work: 0.185

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.02	0.021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.885	1.955
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_deg	6.285	5
X-RAY DIFFRACTION	r_plane_restr	0.007	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr		0.2

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.64 Å / Num. reflection R_work: 2867

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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