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- PDB-1mki: Crystal Structure of Bacillus Subtilis Probable Glutaminase, APC1040 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mki
タイトルCrystal Structure of Bacillus Subtilis Probable Glutaminase, APC1040
要素Probable Glutaminase ybgJ
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Probable glutaminase / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


L-glutamine catabolic process / glutamate biosynthetic process / glutaminase / glutaminase activity
類似検索 - 分子機能
Probable Glutaminase Ybgj; Chain: A, domain 2 / Probable Glutaminase Ybgj; Chain: A, domain 2 - #10 / Glutaminase / Glutaminase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Glutaminase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kim, Y. / Dementieva, I. / Vinokour, E. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Functional and structural characterization of four glutaminases from Escherichia coli and Bacillus subtilis.
著者: Brown, G. / Singer, A. / Proudfoot, M. / Skarina, T. / Kim, Y. / Chang, C. / Dementieva, I. / Kuznetsova, E. / Gonzalez, C.F. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2002年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable Glutaminase ybgJ
B: Probable Glutaminase ybgJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5737
ポリマ－74,2792
非ポリマー2945
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area22640 Å2
手法PISA
2
A: Probable Glutaminase ybgJ
B: Probable Glutaminase ybgJ
ヘテロ分子

A: Probable Glutaminase ybgJ
B: Probable Glutaminase ybgJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,14714
ポリマ－148,5584
非ポリマー58910
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area9050 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area42240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.332, 181.482, 51.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Probable Glutaminase ybgJ


分子量: 37139.520 Da / 分子数: 2 / 変異: N-terminal insertion SNA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: YBGJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O31465, glutaminase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 1500, HEPES, sodium chloride, Glycerol, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
125 %PEG33501drop
20.2 M1dropMgCl2
30.1 Msodium HEPES1droppH7.5
430 %PEG15001reservoir
50.2 M1reservoirNaCl
65 %glycerol1reservoir
70.1 mMdithiothreitol1reservoir
80.1 Msodium HEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97910, 0.97921, 0.954
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月13日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.979211
30.9541
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 46201 / Num. obs: 46201 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 4499 / % possible all: 98.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.5 % / 冗長度: 9.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS1精密化
d*TREKデータ削減
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→40.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 4346 9.9 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.216 43940 --
obs0.216 43940 95.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.6142 Å2 / ksol: 0.369277 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.37 Å20 Å20 Å2
2---5.32 Å20 Å2
3---16.69 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.29 Å / Luzzati sigma a free: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4844 0 16 333 5193
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.671.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.72.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 672 9.7 %
Rwork0.285 6291 -
obs-6963 92.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMFMT.TOP
X-RAY DIFFRACTION4EDO.PARAMEDO.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40.7 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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