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- PDB-1mkb: ESCHERICHIA COLI BETA-HYDROXYDECANOYL THIOL ESTER DEHYDRASE AT PH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mkb
タイトルESCHERICHIA COLI BETA-HYDROXYDECANOYL THIOL ESTER DEHYDRASE AT PH 5 AND 21 DEGREES C
要素BETA-HYDROXYDECANOYL THIOL ESTER DEHYDRASE
キーワードFATTY ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase / trans-2-decenoyl-acyl-carrier-protein isomerase activity / : / : / : / : / : / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / fatty acid biosynthetic process / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA / Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Leesong, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Structure of a dehydratase-isomerase from the bacterial pathway for biosynthesis of unsaturated fatty acids: two catalytic activities in one active site.
著者: Leesong, M. / Henderson, B.S. / Gillig, J.R. / Schwab, J.M. / Smith, J.L.
履歴
登録1996年1月8日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-HYDROXYDECANOYL THIOL ESTER DEHYDRASE
B: BETA-HYDROXYDECANOYL THIOL ESTER DEHYDRASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7202
ポリマ－37,7202
非ポリマー00
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.500, 86.900, 60.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9359, 0.159, -0.3143), (0.1597, -0.6038, -0.7809), (-0.314, -0.7811, 0.5398)
ベクター: -11.6634, 24.6424, 10.0284)

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要素

#1: タンパク質 BETA-HYDROXYDECANOYL THIOL ESTER DEHYDRASE / BETA-HYDROXYDECANOYL ACP DEHYDRASE


分子量: 18859.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: RA244 / 解説: TAC PROMOTER / 遺伝子: FABA / プラスミド: PRA244 / 遺伝子 (発現宿主): FABA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Q3, EC: 4.2.1.60
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.5 mg/mlprotein11
23.7 mM3-decynoylNAC11
32 %(v/v)aceton11

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 21621 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.063
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 23461 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→7 Å / σ(F): 1
詳細: RESIDUES B 136 - B 137 FORM A POORLY ORDERED LOOP AND HAVE HIGH ISOTROPIC B-FACTORS.
Rfactor反射数
Rfree0.243 -
Rwork0.183 -
obs0.183 20804
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2650 0 0 163 2813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.63
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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