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- PDB-1mk6: SOLUTION STRUCTURE OF THE 8,9-DIHYDRO-8-(N7-GUANYL)-9-HYDROXY-AFL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mk6
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE 8,9-DIHYDRO-8-(N7-GUANYL)-9-HYDROXY-AFLATOXIN B1 ADDUCT MISPAIRED WITH DEOXYADENOSINE
要素
  • 5'-D(*AP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*GP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*GP*T)-3'
キーワードDNA / AFLATOXIN B1- Guanine Adduct Opposite an Adenine / mimicking GA Transition
機能・相同性8,9-DIHYDRO-9-HYDROXY-AFLATOXIN B1 / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / distance geometry : MardiGras; simulated annealing, molecular dynamics : XPLOR; Average structure Calculation Addition of Solvent, and Counterions : AMBER; simulated annealing, Molecular Dynamics matrix relaxation : CORMA;
データ登録者Giri, I. / Johnston, D.S. / Stone, M.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: MISPAIRING OF THE 8,9-DIHYDRO-8-(N7-GUANYL)-9-HYDROXY-AFLATOXIN B1 ADDUCT WITH DEOXYADENOSINE RESULTS IN EXTRUSION OF THE MISMATCHED DA TOWARD THE MAJOR GROOVE
著者: Giri, I. / Johnston, D.S. / Stone, M.P.
履歴
登録2002年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年1月30日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _struct_ref.pdbx_align_begin
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*T)-3'
B: 5'-D(*AP*GP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4423
ポリマ－6,1122
非ポリマー3301
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 20Final Calculated Structure is Being Submitted. Back Calculated Structure is in Agreement with NOESY data. The calculation was performed in Presence of solvent and counterions. Solvent, and Counterion co-ordinates are NOT being reported, only the Duplex DNA. Before Solvating and Addition of Counter IONS, 20 final structures were calculated using XPLOR. The final averaged energy minimized structure was solvated, and the counter Ions were added to it. Then MD was ran for 1.4 ns time scale to obtain final structure.
代表モデルモデル #1

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*T)-3'


分子量: 3003.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*GP*T)-3'


分子量: 3108.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-AFN / 8,9-DIHYDRO-9-HYDROXY-AFLATOXIN B1


分子量: 330.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14O7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
141P-COSY
151T1
NMR実験の詳細Text: 40 Structures were calculated starting from B and A form DNA. 20 closely convergent from both was averaged, and RMSD value was checked. The final averaged structure was calculated by averaging ...Text: 40 Structures were calculated starting from B and A form DNA. 20 closely convergent from both was averaged, and RMSD value was checked. The final averaged structure was calculated by averaging Final A and Final B, and after energy Minimization. This energy minimized structure was solvated, and explicit counterions were added. In all, 17 Na+ ions were added to neutralize the system using the Leap module in AMBER 6.0. The SHAKE algorithm constrained bonds involving protons to a tolerance of 0.0005 . A 1 fs time step was used. The rMD calculations were run for 1.4 ns, and coordinates were captured every 200 ps. The emergent structure from AMBER is Being reported

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試料調製

詳細内容: 80 OD of d(ACATCAFBGATCT)d(AGATAGATGT) solution in NMR Buffer
溶媒系: For observation of nonexchangeable protons, the sample was dissolved in 0.5 mL of 0.01 M sodium phosphate containing 0.1 M NaCl and 0.05 mM Na2EDTA at pD 7.4. The sample was dissolved in ...溶媒系: For observation of nonexchangeable protons, the sample was dissolved in 0.5 mL of 0.01 M sodium phosphate containing 0.1 M NaCl and 0.05 mM Na2EDTA at pD 7.4. The sample was dissolved in 99.96% D2O. For observation of exchangeable protons, the sample was dissolved in 9:1 H2O:D2O. Most experiments were performed at 5 C. Spectra of exchangeable protons were obtained at 0 C.
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.5 mL of 0.01 M sodium phosphate containing 0.1 M NaCl and 0.05 mM Na2EDTA at pD 7.4. The sample was dissolved in 99.96% D2O 7.4 ATM 278 K
2For observation of exchangeable protons, the sample was dissolved in 9:1 H2O:D2O, buffer, containing 0.01 M sodium phosphate containing 0.1 M NaCl and 0.05 mM Na2EDTA at pH 7.4 7.4 ATM 273 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX8002
Bruker DRXBrukerDRX6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix97, 2000Accelyris, Inc., San Diego, CA解析
XwinNMR4Brukercollection
MARDIGRAS3.2Borgias, B. A., and James, T. L. (1990) J. Magn. Reson. 87, 475-487データ解析
X-PLOR3.1A.T.Brunger精密化
Amber6Bayly, C. I., Cieplak, P., Cornell, W. D., and Kollman, P. A. (1993) J. Phys. Chem. 40, 10269-10280構造決定
CORMA4Keepers, J. W., and James, T. L. (1984) J. Magn. Reson. 57, 404-426.データ解析
Insight II2000Accelyris, Inc., San Diego, CA構造決定
GAUSSIAN 981998Frisch, M. J., Trucks, G. W., et al. (1998) Gaussian 98, Gaussian Inc., Pittsburgh, PA.解析
精密化手法: distance geometry : MardiGras; simulated annealing, molecular dynamics : XPLOR; Average structure Calculation Addition of Solvent, and Counterions : AMBER; simulated annealing, Molecular ...手法: distance geometry : MardiGras; simulated annealing, molecular dynamics : XPLOR; Average structure Calculation Addition of Solvent, and Counterions : AMBER; simulated annealing, Molecular Dynamics matrix relaxation : CORMA;
ソフトェア番号: 1
詳細: There were 329 experimental distance restraints derived from nonexchangeable 1H NOEs by MARDIGRAS. These consisted of 181 intranucleotide restraints, 110 internucleotide restraints, and 38 adduct-DNA restraints
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Final Calculated Structure is Being Submitted. Back Calculated Structure is in Agreement with NOESY data. The calculation was performed in Presence of solvent ...コンフォーマー選択の基準: Final Calculated Structure is Being Submitted. Back Calculated Structure is in Agreement with NOESY data. The calculation was performed in Presence of solvent and counterions. Solvent, and Counterion co-ordinates are NOT being reported, only the Duplex DNA. Before Solvating and Addition of Counter IONS, 20 final structures were calculated using XPLOR. The final averaged energy minimized structure was solvated, and the counter Ions were added to it. Then MD was ran for 1.4 ns time scale to obtain final structure.
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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