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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mjf | ||||||
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タイトル | PUTATIVE SPERMIDINE SYNTHETASE FROM PYROCOCCUS FURIOSUS PFU-132382 | ||||||
![]() | spermidine synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Pyrococcus furiosus / spermidine synthetase / structural genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() sym-norspermidine synthase / N1-aminopropylagmatine synthase / sym-norspermidine synthase activity / cadaverine aminopropyltransferase activity / agmatine aminopropyltransferase activity / thermospermine synthase activity / spermidine synthase / polyamine biosynthetic process / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process ...sym-norspermidine synthase / N1-aminopropylagmatine synthase / sym-norspermidine synthase activity / cadaverine aminopropyltransferase activity / agmatine aminopropyltransferase activity / thermospermine synthase activity / spermidine synthase / polyamine biosynthetic process / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: PUTATIVE SPERMIDINE SYNTHETASE FROM PYROCOCCUS FURIOSUS PFU-132382 著者: Southeast Collaboratory for Structural Genomics | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1inlS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32377.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.95 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: calcium chloride, PEG400, pH 7.5, microbatch, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月5日 / 詳細: confocal |
放射 | モノクロメーター: confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 44968 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 36 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 7 / Rsym value: 0.193 / % possible all: 47.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AUTOMATED MOLECULAR REPLACEMENT 開始モデル: pdb entry 1INL 解像度: 1.798→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.122 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.253 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.798→72.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.798→1.844 Å / Total num. of bins used: 20 /
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