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- PDB-1mj3: Crystal Structure Analysis of rat enoyl-CoA hydratase in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mj3
タイトルCrystal Structure Analysis of rat enoyl-CoA hydratase in complex with hexadienoyl-CoA
要素ENOYL-COA HYDRATASE, MITOCHONDRIAL
キーワードLYASE / Homohexamer
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta oxidation of lauroyl-CoA to decanoyl-CoA-CoA / Beta oxidation of decanoyl-CoA to octanoyl-CoA-CoA / Beta oxidation of octanoyl-CoA to hexanoyl-CoA / Beta oxidation of hexanoyl-CoA to butanoyl-CoA / Beta oxidation of butanoyl-CoA to acetyl-CoA / 3-hydroxypropionyl-CoA dehydratase activity / crotonyl-CoA hydratase activity / Branched-chain amino acid catabolism / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity ...Beta oxidation of lauroyl-CoA to decanoyl-CoA-CoA / Beta oxidation of decanoyl-CoA to octanoyl-CoA-CoA / Beta oxidation of octanoyl-CoA to hexanoyl-CoA / Beta oxidation of hexanoyl-CoA to butanoyl-CoA / Beta oxidation of butanoyl-CoA to acetyl-CoA / 3-hydroxypropionyl-CoA dehydratase activity / crotonyl-CoA hydratase activity / Branched-chain amino acid catabolism / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANOYL-COENZYME A / Enoyl-CoA hydratase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bell, A.F. / Feng, Y. / Hofstein, H.A. / Parikh, S. / Wu, J. / Rudolph, M.J. / Kisker, C. / Tonge, P.J.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2002
タイトル: Stereoselectivity of Enoyl-CoA Hydratase Results from Preferential Activation of One of Two Bound Substrate Conformers
著者: Bell, A.F. / Feng, Y. / Hofstein, H.A. / Parikh, S. / Wu, J. / Rudolph, M.J. / Kisker, C. / Whitty, A. / Tonge, P.J.
履歴
登録2002年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOYL-COA HYDRATASE, MITOCHONDRIAL
B: ENOYL-COA HYDRATASE, MITOCHONDRIAL
C: ENOYL-COA HYDRATASE, MITOCHONDRIAL
D: ENOYL-COA HYDRATASE, MITOCHONDRIAL
E: ENOYL-COA HYDRATASE, MITOCHONDRIAL
F: ENOYL-COA HYDRATASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,91511
ポリマ－169,5876
非ポリマー4,3285
水16,556919
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39140 Å2
ΔGint-236 kcal/mol
Surface area53170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.877, 95.198, 249.429
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a homohexamer which is found in the asymetric unit

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要素

#1: タンパク質
ENOYL-COA HYDRATASE, MITOCHONDRIAL / Short chain enoyl-CoA hydratase / Enoyl-CoA hydratase 1 / SCEH


分子量: 28264.461 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14604, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物
ChemComp-HXC / HEXANOYL-COENZYME A / ヘキサノイルCoA


分子量: 865.677 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 919 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, DTT, EDTA, n-octanol, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.100 mMprotein1drop
21 mMHD-CoA1drop
32.4 Mammonium sulfate1reservoir
41 mMdithiothreitol1reservoir
51 mMEDTA1reservoir
65 %n-octanol1reservoir
7100 mMMES1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月1日
放射モノクロメーター: Platinum / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 96809 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 78.5
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 97058 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.5 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
FFTモデル構築
REFMAC5.1.24精密化
FFT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.1→48.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 4.801 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22964 4801 4.9 %RANDOM
Rwork0.17238 ---
all0.1752 97057 --
obs0.1752 92256 90.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.079 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11730 0 275 919 12924
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.02212160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5931.98916355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.18251536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1820.21857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.028882
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2460.25768
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2908
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4930.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4910.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9251.57632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.588212126
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.87234528
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.3944.54229
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.306 322
Rwork0.222 5820
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 92257 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.229 / Rfactor Rwork: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_deg5.3
X-RAY DIFFRACTIONr_planar_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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