PDB-1miw: Crystal structure of Bacillus stearothermophilus CCA-adding enzym...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1miw

タイトル

Crystal structure of Bacillus stearothermophilus CCA-adding enzyme in complex with ATP

要素

tRNA CCA-adding enzyme

キーワード

TRANSLATION / TRANSFERASE / CCA-adding enzyme / tRNA nucleotidyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

CCA tRNA nucleotidyltransferase / CCACCA tRNA nucleotidyltransferase activity / tRNA 3'-terminal CCA addition / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Li, F. / Xiong, Y. / Wang, J. / Cho, H.D. / Weiner, A.M. / Steitz, T.A.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of the Bacillus stearothermophilus CCA-adding enzyme and its complexes with ATP or CTP
著者: Li, F. / Xiong, Y. / Wang, J. / Cho, H.D. / Tomita, K. / Weiner, A.M. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2002年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1miw.cif.gz	168.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1miw.ent.gz	135 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1miw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1miw_validation.pdf.gz	1020.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1miw_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	1miw_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	1miw_validation.cif.gz	46.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/1miw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/1miw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mivC 1miyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1miy-d 1miv-d 3nag-1 5k94-d 4umk-1 5dsg-d 5id7-d 6y8q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA CCA-adding enzyme

B: tRNA CCA-adding enzyme

ヘテロ分子

92.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.632, 105.632, 184.159
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Cell setting	trigonal
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 404 / Label seq-ID: 1 - 404

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	tRNA CCA-adding enzyme 分子量: 45902.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIB1
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.91 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 7.5 / 詳細: NaCl, Tris, MgCl2, pH 7.5, MICRODIALYSIS at 277K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	8 mg/ml	protein	1	1
2	50 mM	Tris	1	2	pH7.5
3	200 mM		1	2		NaCl
4	10 mM		1	2		MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.1063, 0.9786, 0.9789, 0.9560

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月15日

放射

モノクロメーター: Si / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1063	1
2	0.9786	1
3	0.9789	1
4	0.956	1

反射

解像度: 3→81.65 Å / Num. obs: 24280 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 9.95 % / R_merge(I) obs: 0.035 / R_sym value: 0.035 / Net I/σ(I): 42

反射

*PLUS

最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 241651

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
REFMAC	5.1.17	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3→81.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26323	2373	9.8 %	RANDOM
R_work	0.22803	-	-	-
all	0.2314	-	-	-
obs	0.2314	21907	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.308 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.79 Å²	0.9 Å²	0 Å²
2-	-	1.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→81.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6226	0	66	42	6334

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.021	6428
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.755	1.97	8716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.779	5	786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.261	0.2	3010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.264	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.071	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.088	1.5	3932
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.151	2	6300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.945	3	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.224	4.5	2416
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3167 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
tight positional	0.06	0.05
tight thermal	0.1	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.001→3.163 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.426	317
R_work	0.364	3158

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6194	1.6874	0.8715	1.7346	-0.5614	5.5456	-0.0003	-0.446	0.3355	0.0409	-0.0247	0.0967	-0.1135	-0.1176	0.0249	0.4018	-0.1694	-0.0287	0.3919	-0.1192	0.1862	2.4491	23.1077	40.8953
2	5.3355	2.3197	-1.5304	1.2503	-0.3904	1.0131	-0.5505	0.6675	0.5285	-0.6549	0.447	0.062	-0.5499	-0.0567	0.1034	0.9561	-0.2729	-0.1857	0.2444	0.1954	0.297	15.8756	38.1546	17.3937
3	11.6076	5.8547	-1.3419	12.1735	-0.2469	6.9182	-0.0361	0.3011	0.3732	0.1669	-0.0758	0.3588	0.5101	-0.1434	0.1119	0.8199	-0.2905	0.0072	0.2325	0.1432	0.164	55.4323	51.6382	15.8693
4	3.2165	0.0932	-0.7313	3.3139	-0.964	8.2565	-0.1262	0.1422	0.5925	-0.269	0.0949	-0.5048	-1.0113	1.219	0.0312	0.5608	-0.4978	-0.0654	0.7237	0.0213	0.5276	31.4097	39.1622	51.023
5	3.2908	2.121	-0.9597	4.1394	-0.8913	2.9144	-0.0657	-0.8582	0.529	0.2308	-0.019	0.2922	-1.1389	-0.2354	0.0847	0.5314	0.185	-0.0292	0.6012	-0.3891	0.3137	11.9636	35.1868	74.7651
6	17.5886	3.4782	-1.3099	4.3281	0.0724	5.4972	0.1029	0.416	1.1349	0.2464	0.2423	0.3052	-0.1712	-0.2971	-0.3452	0.1315	0.1023	0.1054	0.9852	0.0543	0.1952	-19.727	7.9393	76.4184

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 146	1 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	G	5501	1
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	147 - 340	147 - 340
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	C - D	5601 - 5611	1
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	341 - 404	341 - 404
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	I	5602 - 6614	1 - 21
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1 - 146	1 - 146
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	H	6501	1
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	147 - 340	147 - 340
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	E - F	6601 - 6611	1
11	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	341 - 404	341 - 404
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	J	5614 - 6902	1 - 21

精密化

*PLUS

最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 100 Å / % reflection R_free: 10 % / R_factor R_free: 0.263 / R_factor R_work: 0.228

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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