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万見
- PDB-1mio: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE NITROGENASE MOLYBDENUM-IRON PROTEI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mio
タイトルX-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE NITROGENASE MOLYBDENUM-IRON PROTEIN FROM CLOSTRIDIUM PASTEURIANUM AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION
要素(NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN ...) x 2
キーワードMOLYBDENUM-IRON PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : ...Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE-MO-S CLUSTER / FE-S CLUSTER / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kim, J. / Woo, D. / Rees, D.C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: X-ray crystal structure of the nitrogenase molybdenum-iron protein from Clostridium pasteurianum at 3.0-A resolution.
著者: Kim, J. / Woo, D. / Rees, D.C.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Structural Models for the Metal Centers in the Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein
著者: Kim, J. / Rees, D.C.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystallographic Structure and Functional Implications of the Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein from Azotobacter Vinelandii
著者: Kim, J. / Rees, D.C.
履歴
登録1993年3月24日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN (ALPHA CHAIN)
B: NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN (BETA CHAIN)
C: NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN (ALPHA CHAIN)
D: NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,94312
ポリマ－218,4934
非ポリマー3,4508
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26020 Å2
ΔGint-262 kcal/mol
Surface area60270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.960, 151.300, 121.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: ILE A 14 - PRO A 15 OMEGA =215.99 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: CIS PROLINE - PRO A 489 / 3: CIS PROLINE - PRO B 202
4: ILE B 337 - PRO B 338 OMEGA =142.51 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
5: CIS PROLINE - PRO B 412
6: THR C 32 - PRO C 33 OMEGA =217.34 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
7: CIS PROLINE - PRO C 489
8: LEU D 115 - PRO D 116 OMEGA =147.89 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
9: CIS PROLINE - PRO D 202 / 10: CIS PROLINE - PRO D 412

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要素

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NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN (ALPHA CHAIN)


分子量: 59071.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
参照: UniProt: P00467
#2: タンパク質 NITROGENASE MOLYBDENUM IRON PROTEIN (BETA CHAIN)


分子量: 50175.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
参照: UniProt: P11347

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非ポリマー , 4種, 8分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸


分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7
#5: 化合物 ChemComp-CFM / FE-MO-S CLUSTER


分子量: 775.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe7MoS9
#6: 化合物 ChemComp-CLP / FE-S CLUSTER


分子量: 703.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S8

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詳細

非ポリマーの詳細Y IN THE FEMO-COFACTOR (CLM) HAS BEEN REFINED AS S.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.54 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: batch method
詳細: taken from Kim, J. and Rees, D.C. (1992). Science, 257 1677-1682.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
118 %PEG400011
20.21 M11MgCl2
380 mMTris-HCl11
48 mg/mlprotein11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / % possible obs: 78 % / Num. measured all: 38527 / Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.18 / Rfactor obs: 0.18 / 最高解像度: 3 Å
詳細: THERE ARE NO RELIABLE POSITIONS FROM A 527 - A 534 AND C 527 - C 534.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15173 0 96 0 15269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 37205 / Rfactor obs: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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