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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mhy | |||||||||
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タイトル | METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE | |||||||||
![]() | (METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE) x 3 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / NADP / ONE-CARBON METABOLISM | |||||||||
機能・相同性 | ![]() methane metabolic process / methane monooxygenase (soluble) / : / : / : / one-carbon metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Elango, N. / Radhakrishnan, R. / Froland, W.A. / Waller, B.J. / Earhart, C.A. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the hydroxylase component of methane monooxygenase from Methylosinus trichosporium OB3b 著者: Elango, N. / Radhakrishnan, R. / Froland, W.A. / Wallar, B.J. / Earhart, C.A. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 310.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 247.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 382.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 392.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45165.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P27354, methane monooxygenase (soluble) | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 59513.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P27353, methane monooxygenase (soluble) | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 19358.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P27355, methane monooxygenase (soluble) | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 詳細: FROLAND W.A. ET AL. (1994) J. MOL. BIOL. VOL. 236:379-381. | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: used to seeding, Froland, W.A., (1994) J. Mol. Biol., 236, 379. PH range low: 7.8 / PH range high: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月10日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 87489 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 391667 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: CHAINS B, D, AND G OF PDB ENTRY 1MMO 解像度: 2→5 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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