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万見
- PDB-1mhx: Crystal Structures of the redesigned protein G variant NuG1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mhx
タイトルCrystal Structures of the redesigned protein G variant NuG1
要素immunoglobulin-binding protein G
キーワードIMMUNE SYSTEM / alpha-beta protein / redesigned first beta-hairpin
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein L, Ig light chain-binding / Protein L b1 domain / IgG-binding B / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Finegoldia magna (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nauli, S. / Kuhlman, B. / Le Trong, I. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C. / Baker, D.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures and increased stabilization of the protein G variants with switched folding pathways NuG1 and NuG2
著者: Nauli, S. / Kuhlman, B. / Le Trong, I. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C. / Baker, D.
履歴
登録2002年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE DIFFERS FROM PIR ENTRY A45063 AT RESIDUES 15-25 (PIR RESIDUES 334-344) ...SEQUENCE THE SEQUENCE DIFFERS FROM PIR ENTRY A45063 AT RESIDUES 15-25 (PIR RESIDUES 334-344) BECAUSE THE AUTHORS REDESIGNED THE FIRST HAIRPIN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: immunoglobulin-binding protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3591
ポリマ－7,3591
非ポリマー00
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.458, 49.458, 103.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-142-

HOH

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要素

#1: タンパク質 immunoglobulin-binding protein G


分子量: 7359.115 Da / 分子数: 1 / 断片: Redesigned B1 domain / 変異: T58A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Redesigned first beta-hairpin, variant NuG1 / 由来: (組換発現) Finegoldia magna (バクテリア) / 株: ATCC 29328 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: PIR: A45063, UniProt: Q53291*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: n-propanol, sodium formate, tris-hcl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mMTris1droppH7.5
28 %n-propanol1reservoir
33.6 Msodium formate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月20日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→22.3 Å / Num. obs: 6273 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 92.5
反射
*PLUS
Num. obs: 6383 / Rmerge(I) obs: 0.116

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1pga

1pga


解像度: 1.8→22.3 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.225 267 random
Rwork0.212 --
all0.268 6273 -
obs0.261 5900 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→22.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数504 0 0 87 591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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