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万見
- PDB-1mhd: CRYSTAL STRUCTURE OF A SMAD MH1 DOMAIN BOUND TO DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mhd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A SMAD MH1 DOMAIN BOUND TO DNA
要素
  • (DNA) x 2
  • SMAD3
キーワードCOMPLEX (TRANSCRIPTION ACTIVATOR/DNA) / COMPLEX (TRANSCRIPTION ACTIVATOR-DNA) / SMAD3 MH1 / SMAD BINDING ELEMENT / DNA / COMPLEX (TRANSCRIPTION ACTIVATOR-DNA) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear mineralocorticoid receptor binding / negative regulation of lung blood pressure / regulation of miRNA transcription / positive regulation of transforming growth factor beta3 production / sterol response element binding / paraxial mesoderm morphogenesis / transdifferentiation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer ...nuclear mineralocorticoid receptor binding / negative regulation of lung blood pressure / regulation of miRNA transcription / positive regulation of transforming growth factor beta3 production / sterol response element binding / paraxial mesoderm morphogenesis / transdifferentiation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / nodal signaling pathway / regulation of striated muscle tissue development / SMAD protein complex / immune system development / regulation of transforming growth factor beta2 production / heteromeric SMAD protein complex / co-SMAD binding / bHLH transcription factor binding / DEAD/H-box RNA helicase binding / pericardium development / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / positive regulation of chondrocyte differentiation / negative regulation of osteoblast proliferation / negative regulation of wound healing / embryonic foregut morphogenesis / nuclear glucocorticoid receptor binding / embryonic pattern specification / positive regulation of extracellular matrix assembly / lens fiber cell differentiation / transforming growth factor beta receptor binding / regulation of epithelial cell proliferation / Germ layer formation at gastrulation / primary miRNA processing / endoderm development / Formation of definitive endoderm / activin receptor signaling pathway / SMAD protein signal transduction / signal transduction involved in regulation of gene expression / embryonic cranial skeleton morphogenesis / Signaling by Activin / cell-cell junction organization / Formation of axial mesoderm / Interleukin-37 signaling / Signaling by NODAL / I-SMAD binding / response to angiotensin / ureteric bud development / positive regulation of positive chemotaxis / osteoblast development / nuclear inner membrane / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / DNA-binding transcription repressor activity / adrenal gland development / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / heart looping / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of focal adhesion assembly / R-SMAD binding / thyroid gland development / mesoderm formation / regulation of immune response / developmental growth / anatomical structure morphogenesis / somitogenesis / negative regulation of osteoblast differentiation / phosphatase binding / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / JNK cascade / positive regulation of stress fiber assembly / extrinsic apoptotic signaling pathway / collagen binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / liver development / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / T cell activation / positive regulation of interleukin-1 beta production / ubiquitin binding / nuclear receptor binding / promoter-specific chromatin binding / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / wound healing / negative regulation of cell growth / negative regulation of protein catabolic process / chromatin DNA binding
類似検索 - 分子機能
Smad3; Chain A / SMAD MH1 domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins ...Smad3; Chain A / SMAD MH1 domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Mothers against decapentaplegic homolog 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shi, Y.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of a Smad MH1 domain bound to DNA: insights on DNA binding in TGF-beta signaling.
著者: Shi, Y. / Wang, Y.F. / Jayaraman, L. / Yang, H. / Massague, J. / Pavletich, N.P.
履歴
登録1998年8月18日処理サイト: NDB
改定 1.01999年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA
D: DNA
A: SMAD3
B: SMAD3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3334
ポリマ－39,3334
非ポリマー00
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.600, 60.400, 71.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA


分子量: 3959.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 4294.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 SMAD3 / SMAD N-DOMAIN


分子量: 15539.169 Da / 分子数: 2 / Fragment: MH1 DOMAIN, RESIDUES 1 - 144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: SMAD / プラスミド: PGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P84022
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMcitrate1reservoir
228 %PEG20001reservoir
3100 mMammonium acetate1reservoir
45 mM1reservoirMgCl2
520 mMdithiothreitol1reservoir
61 mMprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 9228 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 9 / Rsym value: 0.162 / % possible all: 96.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 39338 / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.5 % / Rmerge(I) obs: 0.162

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→8 Å / 交差検証法: R FACTOR / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 402 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 8490 93.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 548 0 24 2614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.734
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 39 5 %
Rwork0.34 870 -
obs--81.3 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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