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- PDB-1mgt: CRYSTAL STRUCTURE OF O6-METHYLGUANINE-DNA METHYLTRANSFERASE FROM ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mgt
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF O6-METHYLGUANINE-DNA METHYLTRANSFERASE FROM HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEON PYROCOCCUS KODAKARAENSIS STRAIN KOD1
要素PROTEIN (O6-METHYLGUANINE-DNA METHYLTRANSFERASE)
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / DNA REPAIR PROTEIN / SUICIDAL ENZYME / HYPERTHERMOSTABILITY
機能・相同性
機能・相同性情報


methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / methylation / DNA repair / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, ribonuclease H-like domain / : / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, N-terminal / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain ...Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, ribonuclease H-like domain / : / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, N-terminal / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Inoue, T. / Nishioka, M. / Fujiwara, S. / Takagi, M. / Imanaka, T. / Kai, Y.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Hyperthermostable protein structure maintained by intra and inter-helix ion-pairs in archaeal O6-methylguanine-DNA methyltransferase.
著者: Hashimoto, H. / Inoue, T. / Nishioka, M. / Fujiwara, S. / Takagi, M. / Imanaka, T. / Kai, Y.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Analysis of Archaeal O6-Methylguanine-DNA Methyltransferase
著者: Hashimoto, H. / Nishioka, M. / Inoue, T. / Fujiwara, S. / Takagi, M. / Imanaka, T. / Kai, Y.
履歴
登録1999年1月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (O6-METHYLGUANINE-DNA METHYLTRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8344
ポリマ－19,5461
非ポリマー2883
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.230, 86.220, 39.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (O6-METHYLGUANINE-DNA METHYLTRANSFERASE) / E.C.2.1.1.63 TRANSFERASE / MGMT


分子量: 19545.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: KOD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O74023, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化pH: 8 / 詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION, pH 8.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
215 %(w/v)PEG200001reservoir
3200 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1997年9月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 17669 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 16.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.16 / % possible all: 76.8
反射
*PLUS
Num. obs: 16314 / Num. measured all: 92828
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 825 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.173 17597 98.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1333 0 15 129 1477
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0230.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0290.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5482
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.083
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.7513
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.72
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor24.420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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