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- PDB-1mg7: Crystal Structure of xol-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mg7
タイトルCrystal Structure of xol-1
要素early switch protein xol-1 2.2k splice form
キーワードGENE REGULATION / alpha-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA alternative trans-splicing / dosage compensation by hypoactivation of X chromosome / male sex determination / cell differentiation / nucleus
類似検索 - 分子機能
Switch protein XOL-1, GHMP-like / Switch protein XOL-1, N-terminal / Switch protein XOL-1, GHMP-like / Switch protein XOL-1, N-terminal / Switch protein XOL-1, GHMP-like / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold ...Switch protein XOL-1, GHMP-like / Switch protein XOL-1, N-terminal / Switch protein XOL-1, GHMP-like / Switch protein XOL-1, N-terminal / Switch protein XOL-1, GHMP-like / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
XO lethal protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Luz, J.G. / Hassig, C.A. / Godzik, A. / Meyer, B.J. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2003
タイトル: XOL-1, primary determinant of sexual fate in C. elegans, is a GHMP kinase family member and a structural prototype for a class of developmental regulators
著者: Luz, J.G. / Hassig, C.A. / Pickle, C. / Godzik, A. / Meyer, B.J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2002年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: early switch protein xol-1 2.2k splice form
B: early switch protein xol-1 2.2k splice form


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4272
ポリマ－94,4272
非ポリマー00
水10,557586
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.071, 86.023, 80.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 early switch protein xol-1 2.2k splice form


分子量: 47213.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
プラスミド: pRSETA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q23229
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.99 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: peg 400, magnesium chloride, hepes, dtt, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
結晶
*PLUS
マシュー密度: 2.4 Å3/Da
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
180 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES1reservoirpH7.8
30.2 M1reservoirMgCl2
417.5 %PEG4001reservoir
55 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 125315 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 12180 / Rsym value: 0.73 / % possible all: 95.6
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 113135 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.9 % / Num. unique obs: 12340 / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2124 5468 -random
Rwork0.2036 ---
all-108727 --
obs-103259 93 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.739 Å20 Å20 Å2
2---2.181 Å20 Å2
3---1.442 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.18 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5544 0 0 586 6130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.203
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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