[日本語] English
万見
- PDB-1mfp: E. coli Enoyl Reductase in complex with NAD and SB611113 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mfp
タイトルE. coli Enoyl Reductase in complex with NAD and SB611113
要素enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [Nadh]
キーワードOXIDOREDUCTASE / fabi / enoyl reductase / enoyl-acp reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / NADH binding / biotin biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / lipid biosynthetic process / catalytic complex / protein homotetramerization / response to antibiotic ...enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / NADH binding / biotin biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / lipid biosynthetic process / catalytic complex / protein homotetramerization / response to antibiotic / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IDN / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Seefeld, M.A. / Miller, W.H. / Newlander, K.A. / Burgess, W.J. / DeWolf Jr., W.E. / Elkins, P.A. / Head, M.S. / Jakas, D.R. / Janson, C.A. / Keller, P.M. ...Seefeld, M.A. / Miller, W.H. / Newlander, K.A. / Burgess, W.J. / DeWolf Jr., W.E. / Elkins, P.A. / Head, M.S. / Jakas, D.R. / Janson, C.A. / Keller, P.M. / Manley, P.J. / Moore, T.D. / Payne, D.J. / Pearson, S. / Polizzi, B.J. / Qiu, X. / Rittenhouse, S.F. / Uzinskas, I.N. / Wallis, N.G. / Huffman, W.F.
引用ジャーナル: J.MED.CHEM. / 年: 2003
タイトル: Indole Naphthyridinones as Inhibitors of Bacterial Enoyl-ACP Reductases FabI and FabK
著者: Seefeld, M.A. / Miller, W.H. / Newlander, K.A. / Burgess, W.J. / DeWolf Jr., W.E. / Elkins, P.A. / Head, M.S. / Jakas, D.R. / Janson, C.A. / Keller, P.M. / Manley, P.J. / Moore, T.D. / Payne, ...著者: Seefeld, M.A. / Miller, W.H. / Newlander, K.A. / Burgess, W.J. / DeWolf Jr., W.E. / Elkins, P.A. / Head, M.S. / Jakas, D.R. / Janson, C.A. / Keller, P.M. / Manley, P.J. / Moore, T.D. / Payne, D.J. / Pearson, S. / Polizzi, B.J. / Qiu, X. / Rittenhouse, S.F. / Uzinskas, I.N. / Wallis, N.G. / Huffman, W.F.
履歴
登録2002年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [Nadh]
B: enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [Nadh]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9587
ポリマ－55,7862
非ポリマー2,1725
水3,513195
1
A: enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [Nadh]
B: enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [Nadh]
ヘテロ分子

A: enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [Nadh]
B: enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [Nadh]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,91514
ポリマ－111,5724
非ポリマー4,34410
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area23780 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area29830 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.600, 79.600, 325.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質 enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [Nadh] / enoyl reductase / NADH-DEPENDENT ENOYL-ACP REDUCTASE


分子量: 27892.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P29132, UniProt: P0AEK4*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-IDN / (E)-N-METHYL-N-(1-METHYL-1H-INDOL-3-YLMETHYL)-3-(7-OXO-5,6,7,8-TETRAHYDRO-[1,8]NAPHTHYRIDIN-3-YL)-ACRYLAMIDE / INDOLE NAPHTHYRIDINONE


分子量: 374.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N4O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: NAD+, HEPES, ammonium sulfate, PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.0K
結晶化
*PLUS
詳細: Qiu, X., (1999) Protein Sci., 8, 2529.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES1reservoirpH7.5
32 Mammonium sulfate1reservoir
45 %PEG4001reservoir
520 %ethylene glycol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.33→20 Å / Num. obs: 19201 / % possible obs: 69.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 37.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / Rmerge(I) obs: 0.077 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / % possible all: 28.2

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.33→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.259 923 RANDOM
Rwork0.198 --
obs-18869 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3836 0 149 195 4180
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.44 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.429 48
Rwork0.237 -
obs-1123

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る